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临床基因组测序解读与报告专家共识基因组测序(genomesequencing,GS)是一种全面且系统地检

测个体核基因组和线粒体基因组DNA序列的技术。《临床基因组测序解读与报告专家共识》总结了临床基因组测序(clinicalGS,cGS)的核心流程，旨在帮助相关从业人员正确理解和规范使用临床基因组测序技术，提升遗传病诊断的准确性，优化技术的临床效用，推动医学科学研究的进步。

一、技术简介

1基因组测序

临床基因组测序(clinicalGS,cGS),即由临床医师主导、面向遗传病患者、以遗传病分子诊断结论和检测报告为目标而开展的基因组测序，推荐以核心家系形式送检。与科研项目等其他应用场景的基因组测序不同，cGS需要特别关注与临床应用相关的问题及规范，包括制定完整的临床应用流程、明确检测范围与技术局限性、基于临床需求进行数据质控/分析/注释/解读、规范临床检测报告的内容，

以及合理开展受检者知情同意等。

本共识讨论的基因组测序基于短读长的高通量测序技术(也被称为二代测序，nextgenerationsequencing,NGS),不包括长读长或单分子测序等其他测序方法。

2检测流程

cGS的检测流程包括检测前遗传咨询、湿实验、干实验、解读分析和报告咨询五个阶段：

患者选择

(Patientselection)

门诊中识别患者并

进行遗传咨询

湿实验

(Wetlab)

从生物样本中生产DNA测序数据

干实验

(Drylab)

通过生物信息学算法确定DNA变异

解读分析

lnterpretation)

DNA变异测序

数据的分析和解读

皮+

皮

+

(Counselling)

结果报告向患者的解读与咨询

表型采集

家系图绘制知情同意洽谈

开具检测申请

DNA提取文库制备序列生成

初步数据质量控制(QCI)

数据比对变异识别

数据质量控制(QC2)

注释

数据过滤

分析优先级排序

变异分类

病例解读结果报告

报告解读咨询：

临床效用

风险评估

家庭咨询

临床医师遗传咨询师基因检测中心/分子医学中心临床医师/遗传咨询师

图1cGS的简要流程

Fig.1ThebriefworkflowofclinicalGStesting

1.检测前遗传咨询：包括如何识别适合的患者(不是所有的遗传变异都适合使用cGS)、采集表型信息、进行知情同意和完善检测申请信息；

2.湿实验阶段：指从生物样本中获取DNA转化成测序数据的过程，包括DNA提取、文库制备、序列生成和初步数据质量控制(quality

control,QC);

3.干实验阶段：指通过生物信息学(下文简称为生信)算法识别DNA变异、进一步QC以纠正技术偏差、识别实验错误(如样本错误或样本污染)的过程，这两个阶段是评估cGS分析验证测试性能的关键环节，主要由实验团队和生物信息学分析团队负责；

4.解读分析阶段：包含数据分析、病例解读和结果报告三个主要部分，其中数据分析部分也被称为三级分析，包括对变异的注释、过滤、优先级排序和致病性评估，该阶段主要由实验室解读人员和/或临床医师及遗传咨询师负责，为本共识重点关注部分；

5.报告咨询阶段：包括评估检测结论的临床效用、其他疾病的风险评估、受检者家庭咨询等。

二、cGS检测申请单/知情同意

共识意见

推荐由基因检测实验室设计统一的cGS检测申请单模板，以确保实验室能全面准确地获取关键信息。

推荐在临床与实验室间建立完善的沟通机制，以确保对先证者及家系成员的表型进行详细、全面、动态和持续的采集，包括先证者的临床特征和家族史等关键信息。

cGS检测的知情同意应遵循尊重自主、有利、不伤害和公平的基本原则。

意见解读

cGS数据的质量控制主要包含两个层面：溯源质控和数据质控。溯源质控包括性别溯源、样本溯源和数据污染分析等。数据质控包括原始数据量、数据质量值、N碱基比例、GC含量分布、插入片段长度分布、比对率、重复比例、平均测序深度、全基因组20×以上覆盖区域和转换颠换率等多种指标。

若出现“溯源质控”异常，需与临床医师确认后再决定数据是否可用。若出现“数据质控”异常，除特殊情况外不推荐继续分析数据，应重新进行检测。考虑到质控，本共识不涉及产前或口腔黏膜细胞等样本形式。对于流产组织等可能影响测序质量的样本类型，需要由检测实验室根据质控结果决定是否继续实验和分析。

表1GS数据推荐的质控指标及阈值

Table1Recommend