蛋白质三级结构和四级结构55课件.pptxVIP

蛋白质三级结构和四级结构

目录CONTENTS一、蛋白质的三级结构二、蛋白质的四级结构三、蛋白质结构的动力学特征四、蛋白质高级结构的测定

三、蛋白质结构的动力学特征

使用高分辨率X射线衍射绘制蛋白质内每个原子的坐标轴并进行NMR、荧光显微镜和X射线衍射温度依赖性实验结果表明：蛋白质分子内每个原子并不位于一个固定的位置，它们具有流动的动力学特性。虽然每个原子都被共价键、次级键所束缚，但依然具有运动性。三、蛋白质结构的动力学特征动图：跨膜蛋白在运动

蛋白质的动力学行为是以下过程的基础：酶和受体与底物、抑制剂或药物结构和发生的构象变化，影响催化过程；血红蛋白的变构效应；细胞色素内电子的转移；……三、蛋白质结构的动力学特征磷酸酶的无活性闭合构象和有活性开放构象

四、蛋白质高级结构的测定

X射线衍射技术可在原子水平测定蛋白质的结构。该法要求蛋白质形成晶体结构，此晶体结构与小分子坚硬的固体晶体不同，是含有大约40%~60%溶剂的浓缩溶液。测定时需要通常降低温度，使得蛋白质结构域的运动状态降低，使得结构测定更准确。四、蛋白质高级结构的测定——引自《蛋白质晶体学与药物发现》

光谱法的应用四、蛋白质高级结构的测定紫外光谱法荧光光谱法酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和肽链具有紫外吸收，当蛋白质变性或结构域运动时，这些紫外生色团位置的移动会造成所测得的吸光率发生变化，可用来提供反应动力学参数。蛋白质变性时，可观察到酪氨酸和（或）苯丙氨酸荧光增加，色氨酸荧光降低。通过荧光光谱分析，可以检测蛋白质构象的改变和蛋白质与其他物质发生结合时引起的构象变化。

光谱法的应用四、蛋白质高级结构的测定圆二色谱法蛋白质内方向氨基酸和多肽链可形成旋光和循环双色光谱，用于α-螺旋、β-折叠和随机构象的圆二色谱不同，是测定蛋白质二级结构变化的标准方法。圆二色谱评估在对比pH下蛋白质热展开后的结构变化来源：SpectrochimicaActaPartA:MolecularandBiomolecularSpectroscopy(IF4.6)PubDate:2022-02-23

四、蛋白质高级结构的测定大卫·贝克开创了“蛋白质从头设计”方法，通过计算模拟与实验验证，成功设计出自然界中不存在的新型蛋白质。他的团队开发了Rosetta软件平台，能够精确预测蛋白质的折叠方式，并在2003年首次成功设计出非天然蛋白质。戴米斯·哈萨比斯和约翰·江珀领导的团队开发了人工智能模型AlphaFold2，解决了困扰科学界50年的“蛋白质折叠问题”。该模型仅通过氨基酸序列即可快速预测蛋白质的三维结构，准确率接近实验水平。自2020年发布以来，AlphaFold2已预测了约2亿种蛋白质的结构。三人荣获了2024年的诺贝尔化学奖。课程思政：AI预测蛋白质结构

四、蛋白质高级结构的测定当我们可预测药物作用位点（通常是体内的功能蛋白质）的结构之后，便可基于互补规则（体积大小能进入靶点结合口袋；带正电荷的—带负电荷的在一起，氢键供体—氢键配体在一起，疏水的—疏水的在一起）进行筛选/虚拟筛选（VS）；也可根据已有成功药物的结构共性，采用机器学习（ML）方式拟合出一系列目标结构，提高新药研发效率。常用工具：Gnina、AtomNet、ΔVinaRF、PDBbind、dockingbox、LINCS、PCM、DeepDocking……课程思政：AI预测蛋白质结构

四、蛋白质高级结构的测定AI预测蛋白质结构ESPript是一款免费的在线工具，主要用于比对序列的显示，特色是可以在对位序列上展示蛋白的二级结构，如α螺旋、β折叠等。

四、蛋白质高级结构的测定AI预测蛋白质结构SWISS-MODEL是常用的蛋白二级结构预测在线工具，我们只需上传蛋白序列就可以预测得到蛋白的3D结构。

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