基于个人计算机的进化生物学分析新时代：以eGPS为例新时代多功能软件探讨.pdfVIP

Hereditas(Beijing)2025年2月,47(2):271―285综述

基于个人计算机的进化生物学分析新时代：以eGPS

为例新时代多功能软件探讨

1,32,32,32,32,3

虞达浪，杨佳宁，张建威，张皖豫，李海鹏

1.国科大杭州高等研究院生命与健康科学学院，浙江省系统健康科学重点实验室，杭州310024

2.中国科学院上海营养与健康研究所，中国科学院计算生物学重点实验室，上海200031

3.中国科学院大学，北京100049

摘要:各种多组学技术所产生的大规模数据，提出了如何快速、准确地分析这些数据的重要科学问题。如何在

发展创新性新理论和数学模型的基础上，基于软件工程开发出能够让用户高效且精确地处理大规模生物学数据

的便捷工具，是生物信息学和计算生物学的重要研究方向。本文主要介绍了生物信息学相关软件的发展历史、

基于进化生物学的应用场景和进化与组学多功能分析软件平台eGPS、计算机使用的3种方式和软件编程的3

个范式，以及如何基于Conda、R语言生态与eGPS软件平台分析单基因、通路和基因组水平的数据。针对不

同科学目标的用户群体，提出了软件开发、使用、维护的新思路，并对进化生物学软件应用领域的未来发展进

行了展望。最后，本文提出使用个人计算机进行进化与多组学分析不仅是时代所需也是未来发展的趋势，在生

物信息学分析中扮演越来越重要的角色。

关键词:个人计算机；进化生物学分析；多组学分析；eGPS软件平台；软件开发

Aneweraofevolutionaryanalysisbasedonapersonalcomputer:

thefutureofmultifunctionalsoftwaresuchaseGPS

DalangYu1,3,JianingYang2,3,JianweiZhang2,3,WanyuZhang2,3,HaipengLi2,3

1.KeyLaboratoryofSystemsHealthScienceofZhejiangProvince,SchoolofLifeScience,HangzhouInstituteforAdvancedStudy,

Hangzhou310024,China

2.CASKeyLaboratoryofComputationalBiology,ShanghaiInstituteofNutritionandHealth,Shanghai200031,China

3.UniversityofChineseAcademyofSciences,Beijing100049,China

Abstract:Thelarge-scaledatageneratedbyvariousomicstechnologiesposesignificantscientificchallengesabouthow

torapidlyandaccuratelyanalyzethesedata.Itisessentialtodevelopconvenienttoolsthatallowuserstoefficientlyand

preciselyhandlemassivebiologicaldata.Basedonnewtheoriesandmathematicalmodels,aswellassoftwareengineering,

thisfieldisbecominganimportantresearchdirectioninbioinformaticsandcomputationalbiology.Inthisreview,

webrieflyreviewthedevelopmenthistoryofbioinformatics-relatedsoftware.Wealsosummarizetherecentprogress,focus

收稿日期:20240903;修回日期:20241108;