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轨道可再生的三维DNA步行器：构建、机制与分析检测应用

一、引言

1.1研究背景与意义

在生命科学和生物医学领域，对生物分子的高灵敏、高特异性检测始终是研究的核心热点之一。生物标志物，如微小核糖核酸（miRNA）、蛋白质和各种病原体核酸等，其异常表达或存在往往与众多疾病，如癌症、心血管疾病和神经退行性疾病等的发生、发展紧密相关。精准检测这些生物标志物，对于疾病的早期诊断、病情监测以及治疗效果评估都具有极为关键的意义。

传统的生物分析检测技术，如聚合酶链式反应（PCR）、酶联免疫吸附测定（ELISA）等，在生物分子检测中发挥了重要作用。然而，这些方法存在操作繁琐、检测周期长、灵敏度有限以及需要昂贵设备等局限性，难以满足临床快速诊断和即时检测（POCT）的迫切需求。随着纳米技术、材料科学和生物技术的飞速发展，新型生物传感技术应运而生，为解决传统检测方法的不足提供了新的思路和途径。

DNA步行器作为一种典型的动态DNA纳米器件，自被提出以来，因其独特的分子运动特性和信号放大能力，在生物分析检测领域展现出巨大的应用潜力。DNA步行器能够模拟自然界中分子马达的运动方式，沿着特定的编程DNA轨道自主移动，在移动过程中实现对目标生物分子的识别、捕获和信号转导，为生物传感提供了一种新颖的策略。

轨道可再生的三维DNA步行器结合了三维结构的空间优势和轨道可再生的特性，能够有效解决传统DNA步行器在检测过程中轨道耗尽、信号放大效率低等问题，显著提高检测的灵敏度和准确性。其在生物分析检测领域的成功应用，将为疾病的早期诊断和治疗干预提供强有力的技术支持，有助于推动个性化医疗和精准医学的发展，对人类健康事业具有重要的现实意义。

1.2DNA步行器概述

DNA步行器是对自然产生的分子步行器，如动力蛋白、肌球蛋白和驱动蛋白等的人工模拟，是一类由核酸构成的在纳米尺度上执行类机器行为的分子机器。从结构上看，它主要由三个基本部件组成：行走链（步行器）、轨道链和燃料分子或其他形式的驱动行走的能量输入（即驱动力）。

行走链通常是一段经过特殊设计的DNA链，它可以直接固定在轨道的基底上，或与其他材料，如金纳米颗粒、量子点等组装成多足步行器，以增强其稳定性和功能性。轨道链则是为行走链提供运动路径的DNA序列，二者通过碱基互补配对原则相互作用，轨道链上的特定序列作为行走链的立足点，引导其沿着预定轨道移动。驱动力是推动DNA步行器运动的关键因素，常见的驱动力包括酶促反应、链置换反应、脱氧核酶催化的水解反应以及光、电、磁等外部物理刺激。这些驱动力通过打破初始反应平衡，促使光能或化学能转化为机械能，驱动行走链沿着轨道链运动。在驱动力的刺激下，目标物直接或间接参与反应，导致反应的热力学和动力学平衡发生改变，随着行走链的移动，消耗燃料分子，反应平衡得以恢复，在此过程中产生并输出放大的信号。

根据其运动维度的不同，DNA步行器可分为一维、二维和三维DNA步行器。一维DNA步行器沿着线性的轨道进行单向运动，结构相对简单，但其装载量较低，货物运输能力有限。二维DNA步行器则在平面上展开运动，能够实现更复杂的路径规划和操作，如在DNA折纸结构上构建的二维步行器，可以按照预设的图案在平面内移动。三维DNA步行器具有更宽广的三维行走轨迹，能够克服一维和二维步行器装载量低、货物运输效果差等问题，实现高效的核酸部件装载释放和酶切反应。在复杂的生物体系中，三维DNA步行器能够更好地模拟生物分子在细胞内的三维空间运动，对生物分子的检测和分析具有更高的特异性和灵敏度，展现出在生物传感领域更为广阔的应用前景。

1.3轨道可再生三维DNA步行器研究现状

近年来，轨道可再生三维DNA步行器的构建和应用研究取得了显著进展。在构建方法方面，科研人员通过巧妙设计DNA序列和合理选择材料，成功开发了多种创新策略。山东大学的研究团队提出了一种轨道再生型DNA步行器，该步行器采用由路基和路轨组成的可分离轨道，路基链功能化于金纳米颗粒上，大量路轨链游离于溶液中并与路基链杂交构建轨道。步行过程中，路轨链被酶切释放出路基链，路基链继续结合溶液中的路轨链形成新轨道，实现了轨道的持续补给，有效提高了步行器的行走步数和持续运行性。

在应用研究方面，轨道可再生三维DNA步行器已被广泛应用于生物分子检测、疾病诊断和药物输送等领域。在生物分子检测中，利用其信号放大特性，能够实现对痕量生物标志物的高灵敏检测。如将其用于微小核糖核酸（miRNA）的检测，通过设计与miRNA互补的轨道和步行链，在特定驱动力作用下，步行器沿着轨道移动并产生放大信号，可显著提高miRNA检测的灵敏度和准确性。在疾病诊断领域，轨道可再生三维DNA步行器