2025年大学《生物信息学》专业题库—— 转录组数据分析技术及在基因调控中的应用.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——转录组数据分析技术及在基因调控中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述RNA-Seq技术相对于传统微阵列技术在测量基因表达方面的主要优势和潜在局限性。

二、

描述在RNA-Seq数据分析流程中，进行数据质量控制和过滤（如去除低质量reads、过滤adapter序列、去除rRNAreads）的重要性和常用方法。

三、

比较基于计数（如featureCounts）和基于模型（如RSEM）的RNA-Seq表达定量方法的原理、主要区别以及它们在结果解读上的潜在差异。

四、

解释DESeq2或edgeR等差异表达分析工具中，计算p值和FDR的基本统计思想。说明在生物信息学研究中，为什么要使用FDR而不是p值来控制错误发现率。

五、

假设你进行了一项比较两种处理（处理A和处理B）对某生物模型基因表达影响的RNA-Seq实验。请描述你会如何使用火山图来初步筛选显著且差异倍数较大的基因，并简要说明筛选时需要考虑的关键参数及其意义。

六、

基因集富集分析（GSEA）与传统的差异表达分析（如t-test,DESeq2）有何根本不同？请解释GSEA为什么能够在一定程度上克服传统差异表达分析的局限性，并说明其结果在理解生物学过程时的意义。

七、

描述如何利用转录组数据来研究基因调控网络。举例说明可以通过分析哪些类型的转录组数据特征或模式来推断潜在的调控关系（如共表达、时间序列变化等）。

八、

在进行时间序列RNA-Seq数据分析时，与单时间点比较相比，通常需要考虑哪些额外的统计或分析方法？请简述其原因。

九、

转录组数据中可变剪接（AlternativeSplicing）信息非常丰富。请简述如何从RNA-Seq数据中鉴定可变剪接事件，并说明分析可变剪接事件的意义。

十、

设计一个简单的实验方案，利用RNA-Seq技术来研究一种已知药物处理对某细胞系基因表达的影响。在方案中，请简要说明需要设置哪些对照组，你会关注哪些主要的分析步骤，以及如何初步解释分析结果以推断药物可能的作用机制。

试卷答案

一、

优势：能检测所有RNA转录本（包括非编码RNA），灵敏度高，动态范围宽，能检测基因表达量变化较小的差异，能发现新转录本和变异剪接体。局限性：成本相对较高，数据分析流程复杂，需要参考基因组信息进行比对，对实验操作和生物信息学分析能力要求较高。

解析思路：对比RNA-Seq与微阵列在原理、检测范围、灵敏度、动态范围、信息丰富度等方面的差异。RNA-Seq基于高通量测序，理论上能检测所有转录本；微阵列则依赖于预定义的探针集。

二、

重要性：原始测序数据包含大量低质量或非特异性序列，直接用于后续分析会降低准确性、浪费计算资源，甚至得出错误结论。过滤步骤能提高数据质量，确保分析结果的可靠性。常用方法：使用FastQC等工具评估数据质量，去除读长过短、接头序列、低质量碱基（如Q值低于特定阈值）、rRNA、tRNA等污染序列。

解析思路：阐述数据质量对分析结果的影响（噪音增加、偏差引入），说明过滤的目的是净化数据集，保留高质量、有生物学意义的序列。列举常用的过滤标准和工具。

三、

原理：基于计数的工具（如featureCounts）直接统计每个特征（基因、转录本）上匹配到的reads数量作为表达量。基于模型的工具（如RSEM）则利用混合模型，同时考虑比对质量、基因结构信息（如外显子位置），对每个基因或转录本的表达量进行概率性估计。主要区别：计数方法简单直观，但无法区分不同转录本或考虑比对不确定性；模型方法能估计转录本丰度，考虑比对质量，结果更平滑，能区分不同转录本丰度。结果解读差异：计数结果直接反映reads富集程度，需结合基因长度进行标准化（如FPKM/TPM）；模型方法估计的是转录本丰度，能更好地反映基因的复杂转录本结构。

解析思路：分别解释两种方法的计算基础和输出结果含义。计数是直接的read计数，模型是概率估计。比较它们在处理比对质量、基因结构、转录本区分方面的能力差异。说明这种差异如何影响最终的表达量估计和解读。

四、

统计思想：p值表示在零假设（两组表达无差异）成立的情况下，观察到当前或更极端结果的概率。FDR（FalseDiscoveryRate）则是指在所有被判定为显著差异的表达结果中，真正存在差异（即错误发现）的比例的估计值。使用FDR而不是p值的原因：p值只控制每次检验的假阳性率，而多个检验后，假阳性率会累积。FDR提供了一个更保守的估计，控制了所有显著结果中假阳性的平均比例，更适用于多假设检验场景下的结果报告和后续分析。

解析思路：解释p值的定义（单次检验的显著性）。解释FDR的定义（所有显著结果的假阳性比例）。阐述在RNA-Seq这类