2025年大学《生物信息学》专业题库—— 生物信息学在RNA结构分析中的应用.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学在RNA结构分析中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述RNA结构多样性的主要类型及其生物学意义。

二、

比较Nussinov算法与基于自由能最小化（FFM）的RNA结构预测方法的基本原理和主要区别。

三、

RNAfold、Mfold和ViennaRNA这三种常用的RNA结构预测服务器，在输入格式、输出结果和核心算法侧重点上各有什么不同？请分别说明。

四、

在分析一个新发现的非编码RNA（ncRNA）的潜在功能时，你会考虑哪些RNA结构分析步骤？请简述从序列获取到结构预测和功能暗示的流程。

五、

什么是RNA结构比对？RNAalifold工具在处理多序列比对（MSA）数据进行结构比对时，主要考虑了哪些因素？它与简单的基于距离的比对有何不同？

六、

举例说明RNA结构分析在抗病毒药物研发或基因治疗中的具体应用。请阐述分析过程和潜在的应用价值。

七、

简要介绍当前RNA结构分析领域面临的主要挑战，例如计算复杂性、实验验证困难等，并思考可能的解决方案。

八、

假设你获得了一组来自不同组织的RNA测序数据（RNA-seq），并且怀疑存在某种RNA结构元件在不同组织中的表达模式与序列保守性不一致。你将如何设计实验或生物信息学分析策略来初步探究这个问题？

试卷答案

一、

RNA结构多样性主要类型包括：茎环结构（最常见，由两个互补区域配对形成茎，剩余区域形成环）、内部环（单链区域位于双链区域之间）、多股环（至少三个单链区域位于双链区域之间）、假结（单链区域穿过双链区域形成的环）和更复杂的二级结构（如多假结）。其生物学意义在于：①参与基因表达调控（如调控转录、翻译起始和终止）；②作为信号识别的元件（如tRNA、rRNA的功能核心）；③是许多RNA病毒的衣壳蛋白组装模板；④是新药设计的靶点（如小分子结合RNA结构口袋）。

二、

Nussinov算法原理是基于动态规划，仅考虑序列间的配对亲和能，通过迭代寻找最优的茎区域配对组合，不涉及序列分离能，因此能快速预测短RNA的近稳态二级结构，但可能产生不合理的结构（如错误的环）。基于自由能最小化（FFM）的方法（如Mfold、RNAfold）则同时考虑配对和分离的自由能，使用NUPACK等力场，通过求解能量最小的状态空间来预测结构，通常能生成更符合实验测定结果的全稳态（global）或近稳态（near-native）结构，计算量相对较大，尤其对于长序列。

三、

RNAfold：基于ViennaRNA包，提供命令行和Web服务器，主要输出RNA序列的MFE（最小自由能）结构，参数相对简单，广泛用于快速获得单一最优结构。输入为单条RNA序列（FASTA格式），输出为单条MFE结构（括号表示茎，点表示内部环）及能量值。核心算法为FFM。

Mfold：Web服务器，基于NUPACK软件，功能更强大，不仅能预测MFE结构，还能预测最可能结构集合（Pfam），支持多种力场和温度，参数可调性高。输入为单条序列或序列对（FASTA格式），输出为多种结构（按概率排序）、能量图、热力学参数等。核心算法为FFM，但提供更灵活的配置。

ViennaRNAWebServer：基于ViennaRNA包，功能全面，不仅提供MFE结构预测，还包括结构比对（RNAalifold）、茎环搜索、动力学分析等多种模块。输入通常为单条序列或序列集合（FASTA格式），输出根据所选模块而定，格式多样（文本、图形）。核心算法包括FFM和多种机器学习方法（如RNAfold-ML）。

四、

分析新发现ncRNA功能的RNA结构分析步骤包括：

1.序列获取与质量控制：从数据库（如GenBank,ENSEMBL）或RNA-seq数据中获取候选ncRNA序列，进行质量过滤和剪接事件验证。

2.序列比对：将序列与其他已知ncRNA或蛋白质编码基因序列进行比对（如BLAST），评估序列保守性和同源性。

3.结构预测：使用RNAfold,Mfold等工具预测序列的MFE和最可能结构集合。

4.结构可视化与元件识别：使用VARNA等工具可视化结构，识别关键结构元件（如茎环、假结），分析其拓扑特征。

5.结构比对与功能预测：使用RNAalifold等工具进行多序列结构比对，寻找保守的结构基序；结合已知功能ncRNA的结构特征，预测潜在功能（如RNA干扰、调控转录/翻译、结合蛋白质等）。

6.实验验证（如需要）：设计实验（如结构特异性探针杂交、SHAPE-MaP、核糖足迹）验证预测的结构和功能。

五、

RNA结构比对是指将一个RNA序列的结构与另一个或多个RNA序列的结构进行比较，以识别保守的二级结构模式或发现序列