2025年大学《生物信息学》专业题库—— 植物病原菌基因组学分析技术.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——植物病原菌基因组学分析技术

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题（每题2分，共20分）

1.下列哪项技术通常不用于植物病原菌的全基因组测序？

A.Sanger测序法

B.Illumina测序平台

C.Pyrosequencing（焦磷酸测序）

D.基因芯片技术

2.在进行基因组组装时，去除低质量读段和接头序列的主要目的是？

A.提高基因组大小估计的准确性

B.减少组装过程中的计算资源消耗

C.增加基因预测的覆盖率

D.确保最终组装序列的准确性和完整性

3.以下哪个数据库是专门收录细菌、古菌及其病原体基因组的综合性数据库？

A.NCBIGenBank

B.EMBL-EBIDDBJ

C.PATRIC(PathogenAnalysisThroughIntegratedComputationalResources)

D.KEGG(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)

4.使用BLAST比对基因组序列以寻找同源基因或蛋白质时，选择“highlysimilarsequences”比选择“nearlyidenticalsequences”通常会导致？

A.检索到的序列数量更少

B.检索到的序列包含更多种属

C.检索到的序列E-value值更小

D.检索到的序列得分（score）更低

5.在比较基因组学中，构建系统发育树的主要目的是？

A.精确测定病原菌的染色体数量

B.探究病原菌基因组的进化关系和物种亲缘关系

C.预测病原菌对特定抗药剂的敏感性

D.量化病原菌基因组与宿主基因组的相似度

6.基因组注释中，InterProScan工具主要用于？

A.预测基因的起始和终止密码子

B.将蛋白质序列与已知的功能域数据库进行比对

C.根据基因序列的保守基序推断其功能

D.计算基因组中基因的平均密度

7.鉴定植物病原菌潜在药物靶点时，通常关注哪些序列特征？

A.高度保守的蛋白质编码基因

B.存在大量可变位点的基因

C.仅在宿主中存在的基因

D.质粒上存在的基因

8.基因组学分析中，k-mer的概念主要与以下哪个步骤相关？

A.基因组注释

B.序列比对

C.基因组组装

D.蛋白质折叠预测

9.在进行病原菌抗病基因挖掘时，比较同源基因在不同致病性菌株中的存在与否，通常使用哪种分析方法？

A.基因表达谱分析

B.系统发育树构建

C.基因丢失与获得分析

D.蛋白质互作网络分析

10.下列哪种情况最可能需要使用三代测序技术来分析植物病原菌基因组？

A.对一个已知的、较小的病原菌基因组进行重测序

B.首次对一种新型、基因组结构复杂的病原菌进行测序

C.需要精确测定病原菌染色体端粒序列

D.只需要获取病原菌基因组中蛋白质编码基因的信息

二、填空题（每空1分，共15分）

1.植物病原菌的基因组大小差异很大，从几百kb到______kb不等。

2.常用的基因组组装软件SPAdes特别适用于处理______序列数据。

3.在基因组比较中，衡量两个基因组相似性程度的常用指标是______。

4.用于判断序列相似性的统计指标E-value，值越小代表______。

5.蛋白质功能注释中，除了BLAST，常用的方法还有利用______数据库和______工具。

6.鉴定基因组中重复序列，常用的工具如______和______。

7.基因组序列拼接（组装）后，需要进行______以去除低质量片段和接头序列。

8.系统发育树的构建方法主要有______和基于距离的方法。

9.药物靶点通常指那些对病原菌生命活动至关重要，且在宿主中______存在的蛋白质。

10.基因组学分析流程通常包括数据质控、______、注释、比较分析等功能模块。

三、简答题（每题5分，共20分）

1.简述Sanger测序和二代测序（NGS）技术的核心原理的主要区别。

2.列举至少三种用于植物病原菌基因组注释的在线工具或数据库，并简要说明其功能。

3.比较比较基因组学分析中，系统发育树构建和基因组变异分析（如SNP鉴定）在研究病原菌进化与分化方面的不同侧重点。