第三代纳米孔宏基因组选择性测序病原体快速检测方法.docxVIP

T/CRHAXXX—202X

ICS11.020

CCSC05

团体标准

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第三代纳米孔宏基因组选择性测序病原体快速检测方法

Rapiddetectionmethodofpathogenswiththethird-generationnanoporemetagenomicselectivesequencing

（征求意见稿）

202X-XX-XX发布202X-XX-XX实施

中国研究型医院学会发布

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目次

前言II

6392引言 III

1范围1

2规范性引用文件1

3术语和定义1

4缩略语2

5原理3

6临床样本采集和处理模块4

6.1输入要求（样本类型）4

6.2样本采集、保存、运输与验收标准4

6.3输出规范4

7宏基因组高分子量微生物DNA提取模块4

7.1输入要求4

7.2微生物高分子量DNA提取与质控4

7.3输出规范4

7.4质量控制5

8宏基因组测序文库构建模块5

8.1输入要求5

8.2测序文库构建5

8.3输出规范5

8.4质量控制5

9三代纳米孔宏基因组选择性测序与病原体实时鉴定模块5

9.1输入要求6

9.2测序平台选择6

9.3三代纳米孔宏基因组选择性测序与病原体实时鉴定6

9.5质量控制6

10非自动化病原体精准鉴定模块7

10.1输入要求7

10.2非自动化病原体精准鉴定流程7

10.3输出规范7

10.4质量控制8

11病原体报告输出模块8

11.1输入要求8

11.2病原体阳性阈值确定8

11.3输出规范8

附录A（规范性）实验分区和试验试剂要求9

附录B（资料性）高分子量微生物DNA提取步骤11

附录C（资料性）纳米孔测序文库构建及上样步骤12

附录D（资料性）RUARGpore安装与使用步骤14

附录E（资料性）非自动化病原体精准鉴定示例16

参考文献17

前言

本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定起草。

本文件由中国研究型医院学会结核病学专业委员会提出。

本文件由中国研究型医院学会归口。

本文件起草单位：。

本文件主要起草人：。

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引言

本文件由以下项目资助：

移植后继发感染的临床救治及应用开发2022YFC2304700；

基于单细胞糖科学的重大传染病诊治创新平台KQTD20200909113758004；

深圳市科技计划项目可持续发展专项：专2023N042院内感染传播路径及风险防控技术的研究与应

用（KCXFZ20230731100901003）；

深圳市生物芯片研究重点实验室（ZDSYS201504301534057）。

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第三代纳米孔宏基因组选择性测序病原体快速检测方法

范围

本文件描述了使用第三代纳米孔技术进行宏基因组选择性测序快速富集、检测目标病原体（细菌）的检测方法，包括方法原理、检测模块分区等内容。

本文件适用于医疗机构、疾病预防控制机构、科研机构等使用第三代纳米孔测序技术进行病原体检测及院感防控中疑似暴发事件的快速病原筛查。

规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，标注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。

GB19489—2008实验室生物安全通用要求

GB/T35890—2018高通量测序数据序列格式规范

T/SZAS92-2024基于高通量测序技术的污水来源新型冠状病毒变异监测通用技术要求

T/SZGIA1.2-2018基于高通量测序的环境微生物检测第2部分：人粪便微生物宏基因组检测

方法

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