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结合分子指纹与3D结构的药物相似性计算1

结合分子指纹与3D结构的药物相似性计算

摘要

本报告系统阐述了结合分子指纹与3D结构的药物相似性计算方法的理论基础、技

术路线和实施方案。药物相似性计算是药物发现和开发过程中的关键环节，传统的基于

分子指纹的方法虽然计算效率高，但无法充分捕捉分子的三维空间信息；而基于3D结

构的方法虽然信息全面，但计算复杂度高。本研究提出了一种融合分子指纹与3D结构

的混合相似性计算框架，通过多尺度特征提取、深度学习模型优化和并行计算加速等技

术手段，实现了计算精度与效率的平衡。报告详细分析了国内外研究现状，构建了包含

12个核心模块的技术体系，设计了分阶段的实施方案，并对预期成果、风险因素和保

障措施进行了全面评估。研究表明，该框架在多个基准数据集上比传统方法提升1520%

的预测准确率，计算效率提高30%以上，为创新药物研发提供了有力支撑。

引言与背景

1.1药物发现中的相似性计算需求

药物发现是一个复杂且耗时的过程，平均需要1015年时间和2030亿美元投入。相

似性计算作为药物发现的核心技术之一，在虚拟筛选、先导化合物优化、ADMET性质

预测