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HainanMedJ,Jul.2025,Vol.36,No.14海南医学2025年7月第36卷第14期

doi:10.3969/j.issn.1003-6350.2025.14.002·论著·

单细胞转录组分析揭示新冠病毒感染过程中关键识别RNA结合蛋白

调控子的作用

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潘季伟，高月颖，张娅，余金阳，李永生

1.海南医科大学生物医学信息与工程学院，海南海口571199；

2.哈尔滨医科大学医工交叉学院，黑龙江哈尔滨150081

【摘要】目的识别RNA结合蛋白(RBP)在新型冠状病毒感染(COVID-19)发展过程中的动态变化，并构建基

于RBP调控子的分类模型用于预测COVID-19进程及区分疾病感染进程中的细胞类型。方法从GEO数据库下

载2022年10月更新的有关COVID-19的单细胞转录组数据和临床数据。通过Seurat包对源数据进行质控预处理，

保留37994个细胞并注释了7种细胞类型。利用Wilcoxon秩和检验筛选出在不同细胞类型中差异表达的基因。

使用R包clusterProfiler基于校正P值0.01且平均表达的倍数变化(avg_logFC)0.25的显著上调基因进行GO富集

2

分析。基于RBPreg算法识别新冠病毒感染进展中不同细胞类型的关键RBP调控子。通过GENIE3评估RBP-基

因调控相关性并基于AUCell包评估不同细胞类型中RBP调控子的活性。利用Caret包将细胞以7:3的比例分为训

练集和验证集。基于RBP调控子及其靶基因的调控网络作为特征构建逻辑回归模型。利用pROC包绘制受试者

操作特征(ROC)曲线图以评价模型区分新冠病毒感染阶段以及不同细胞类型的效能。结果本研究纳入的37994

个细胞中，健康阶段细胞14867个，轻症阶段细胞16884个，重症阶段细胞6243个。在健康阶段识别到34个RBP

调控子，其中有13个细胞类型特异RBP调控子和21个共享RBP调控子；在轻症阶段识别到38个RBP调控子，包含

了13个特异RBP调控子和25个共享RBP调控子；在重症阶段识别到38个RBP调控子，由16个特异RBP调控子和

22个共享RBP调控子组成。ROC曲线显示的AUC值范围位于0.816~0.997之间，表明基于RBP调控子及其调控靶

基因构建的分类模型预测效能较好。结论本研究构建的基于RBP调控子相关的分类模型可有效预测新冠病毒

感染进程以及不同细胞类型。

【关键词】RNA结合蛋白；分类模型；新型冠状病毒感染；单细胞转录组；RNA结合蛋白调控网络

【中图分类号】R511.7【文献标识码】A【文章编号】1003—6350（2025）14—1981—10

Single-celltranscriptomeanalysisrevealstheroleofkeyRBPregulatorsintheprogressionofCOVID-19.PAN

Ji-wei1,GAOYue-ying2,ZHANGYa1,YUJin-yang1,LIYong-sheng2.1.CollegeofBiomedicalInformationand