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江苏农业科学２０２４年第５２卷第１２期—１８７—

张明达，王丽媛，蔺思函，等．克氏原螯虾的三代转录组测序分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０２４，５２（１２）：１８７－１９４．

ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０２４．１２．０２５

克氏原螯虾的三代转录组测序分析

张明达，王丽媛，蔺思函，李倩倩，杜志强

（内蒙古科技大学生命科学与技术学院，内蒙古包头０１４０１０）

摘要：为探究在病原刺激情况下克氏原螯虾（Ｐｒｏｃａｍｂａｒｕｓｃｌａｒｋｉｉ）的转录组信息，采用ＰａｃＢｉｏ平台的单分子实时

测序技术（ＳＭＲＴ），对使用弧菌刺激下的克氏原螯虾的血淋巴、肝胰腺、鳃、肠、淋巴器官和肌肉的混合组织样进行全

长转录组测序，获得克氏原螯虾的全长转录本文库。首先，使用ＴＲＩｚｏｌ法提取总ＲＮＡ合成双链ｃＤＮＡ用于ＳＭＲＴｂｅｌｌ

建库和测序，利用ＳＭＲＴ分析套件进行插入片段识别，Ｒｅａｄｓ分类、聚类和校正，利用ＢＵＳＣＯ单拷贝同源数据库对其进

行组装的完整性评价，通过使用ＣＤ－ＨＩＴ软件，将序列进行去冗余分析，最后利用公共数据库ＮＲ、ＮＴ、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ、

ＫＯＧ、ＧＯ、Ｐｆａｍ及ＫＥＧＧ对克氏原螯虾转录本进行功能注释。全长转录组得到改良后一致序列１４９２１３个，序列平均

长度为２２１３ｂｐ。ＢＵＳＣＯ单拷贝同源数据库完整性评价，约有９５．８％完整基因元件，说明大多数保守基因组装较完

整，组装结果较可靠。在ＮＲ数据库注释得到１１０１８１条序列，分别比对到１３７３个物种，其中与美洲海螯虾（Ｈｏｍａｒｕｓ

ａｍｅｒｉｃａｎｕｓ）基因相似的序列最多，为４８４３３条。与ＧＯ数据库进行匹配，统计注释到结合和催化活性功能最多，分别

为１４３２７和１３３４４个。ＫＯＧ功能注释分为２５个功能组分，其中，一般功能预测最多，为２０２６９个。ＫＥＧＧ注释结果

发现，信号转导的代谢通路注释的基因数最多，为１２２７７个。本研究过程中组装并获得完整良好的序列，与功能数据

库比对得出序列的功能特性，可为探究克氏原螯虾的功能基因、免疫响应和相关代谢通路等提供可靠的基因组资源。

关键词：克氏原螯虾；转录组；三代测序；功能注释

中图分类号：Ｓ９１７文献标志码：Ａ文章编号：１００２－１３０２（２０２４）１２－０１８７－０８

克氏原螯虾（Ｐｒｏｃａｍｂａｒｕｓｃｌａｒｋｉｉ）别称淡水小龙原螯虾是一种富含人体所必需的多种矿物质和不

虾，属于甲壳纲、十足目、螯虾科水生动物［１］。克氏饱和脂肪酸的低脂肪、高蛋白的优质淡水虾［２－３］。

随着克氏原螯虾的人工养殖规模扩大，其病害问题

收稿日期：２０２３－０６－２０

日益增多。因此，通过探究病原菌侵入克氏原螯虾

基金项目：国家自然科学基金（编号；内蒙古自然科学基

金－杰出青年培育基金（编号：２０２０ＪＱ０３）。先天免疫系统的分子机制，可为防治病原侵害提供

作者简介：张明达（１９９９—），男，内蒙古赤峰人，硕士研究生，主要研科学依据。

究方向无脊椎动物的先天免疫。Ｅ－ｍａｉｌ：１５０１６４３２０２＠ｑｑ．ｃｏｍ。

目前，以ｉｌｌｕｍｉｎａ平台等二代转录组测序技术

通信作者：杜志强，博士研究生，教授，主要研究方向无脊椎动物的先

天免疫。Ｅ－ｍａｉｌ：ｎｍｄｚｑ１９８１＠１６３．ｃｏｍ。进行序列功能研究的仍占据大多数，其测序结果比

櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄

工程疫苗研制及其与传统兔出血症病毒疫苗的交叉保护作用ｈｏｓｔｈｉｓｔｏ－ｂｌｏｏｄｇｒｏｕｐａｎｔｉｇｅｎｓ