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生物信息分析师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
以下哪个工具常用于短读长测序数据与参考基因组的比对?
A.GATK
B.BWA
C.FastQC
D.Salmon
答案:B
解析:BWA(Burrows-WheelerAligner)是经典的短读长比对工具,适用于Illumina等测序数据的基因组比对;GATK(GenomeAnalysisToolkit)主要用于变异检测与注释;FastQC用于原始数据质量控制;Salmon是RNA-seq定量工具。
人类基因组中SNP(单核苷酸多态性)的主要定义是?
A.长度≥50bp的DNA片段插入或缺失
B.单个核苷酸位置上的序列变异(频率1%)
C.染色体数目异常(如三体)
D.基因拷贝数的显著变化
答案:B
解析:SNP是单核苷酸位置的变异,且在人群中频率≥1%;插入/缺失(Indel)通常指1-50bp的序列变化;染色体数目异常属于结构变异;拷贝数变异(CNV)涉及基因或基因组片段的重复/缺失。
以下哪个数据库主要存储蛋白质功能注释信息?
A.NCBIGenBank
B.UniProt
C.Ensembl
D.dbSNP
答案:B
解析:UniProt(UniversalProteinResource)是蛋白质序列与功能注释的核心数据库;GenBank存储核酸序列;Ensembl提供基因组注释;dbSNP收录SNP信息。
在RNA-seq差异表达分析中,DESeq2的主要校正方法是?
A.Bonferroni多重检验校正
B.基于负二项分布的均值-方差建模
C.主成分分析(PCA)降维
D.序列比对错误率校正
答案:B
解析:DESeq2通过拟合负二项分布模型处理RNA-seq数据的过离散性,并采用Wald检验进行差异表达检测;Bonferroni是通用多重检验方法;PCA用于数据可视化;序列比对校正属于上游分析步骤。
系统发育树构建中,最大似然法(ML)的核心假设是?
A.序列进化速率恒定(分子钟)
B.最小化序列间差异的总步数
C.基于概率模型推断最优进化路径
D.仅使用序列中的保守区域
答案:C
解析:最大似然法通过概率模型(如Jukes-Cantor模型)计算不同树结构的似然值,选择似然值最大的树;分子钟是邻接法(NJ)的假设;最小步数是最大简约法(MP)的核心;保守区域筛选是预处理步骤。
以下哪个指标用于评估基因组组装的连续性?
A.Q30
B.N50
C.GC含量
D.比对率
答案:B
解析:N50是组装质量的关键指标(所有contig按长度排序后,累积长度达50%时的contig长度);Q30衡量测序数据质量;GC含量反映碱基组成;比对率是测序数据与参考基因组的匹配比例。
单细胞RNA测序(scRNA-seq)中,“dropout”现象指?
A.细胞裂解不完全导致RNA丢失
B.低表达基因未被检测到(表达值为0)
C.测序读长错误率过高
D.不同细胞类型的基因表达模式重叠
答案:B
解析:Dropout是scRNA-seq的典型问题,由于RNA捕获效率低,低丰度mRNA可能未被检测到,表现为基因表达值为0;细胞裂解不完全属于实验操作问题;测序错误率由Q值衡量;表达模式重叠是聚类分析的挑战。
宏基因组学(Metagenomics)的主要研究对象是?
A.单一物种的全基因组
B.环境样本中的微生物群落
C.肿瘤细胞的体细胞变异
D.模式生物的转录调控网络
答案:B
解析:宏基因组学直接分析环境或宿主样本(如肠道、土壤)中的微生物群落DNA,无需分离培养;单一物种基因组属于普通基因组学;肿瘤变异是癌症基因组学;转录调控网络是功能基因组学内容。
在ChIP-seq数据分析中,“peakcalling”的主要目的是?
A.鉴定转录因子或组蛋白修饰的结合位点
B.计算基因表达量
C.检测基因组结构变异
D.预测蛋白质三维结构
答案:A
解析:ChIP-seq通过免疫沉淀富集目标蛋白结合的DNA片段,Peakcalling用于识别结合位点;基因表达量计算是RNA-seq任务;结构变异检测需全基因组测序;蛋白质结构预测依赖序列或同源模型。
以下哪个工具可用于蛋白质二级结构预测?
A.BLAST
B.PsiPred
C.STRING
D.IGV
答案:B
解析:PsiPred是经典的蛋白质二级结构预测工具(α-螺旋、β-折叠等);BLAST用于序列比对;STRING分析蛋白质互作网络;IGV(IntegrativeGenomicsViewer)是基因组数据可视化工具。
二、多项选择题(共10题,每题2分,共20分)
以下属于第二代测序(NGS)技术特点的有?
A.
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