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摘要
线粒体基因组作为独立的遗传系统，在疾病遗传学、种群遗传学和进化生物
学等领域具有重要的研究价值。然而，现有多序列比对（MSA）算法（如ClustalW、
MAFFT、MUSCLE和T-Coffee等）主要针对核苷酸和氨基酸序列优化，尚未开
发出适配线粒体基因组结构特征的专用算法。值得注意的是，精准的同源区域界
定是量化分析线粒体基因组结构变异（如基因倒位、重排及区域复制）的关键前
提。当前主流的qMGR方法将单个基因作为结构单元，通过累加相邻基因位置
变化间接推测基因重
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