基于转录组序列的叶用芥菜奶奶青菜EST-SSR标记开发与遗传多样性分析.pdfVIP

浙江农业学报ActaAgriculturaeZhejiangensis,2021,(9)：1640-1649http：//www.zjnyxb.cn

马杰，屈雯，陈春艳，等.基于转录组序列的叶用芥菜奶奶青菜EST-SSR标记开发与遗传多样性分析[J].浙江农业学

报,2021,33(9)：1640-1649.

DOI：10.3969/j.issn.1004-1524.2021.09.08

基于转录组序列的叶用芥菜奶奶青菜EST-SSR标记开发与

遗传多样性分析

马杰V,屈雯彳，陈春艳1,王磊彳，马俊1,刘针杉彳，马维1,周平1,何远宽1,

孙勃八

(1.毕节市农业科学研究所，贵州毕节551700；2.四川农业大学园艺学院，四川成都611130)

摘要:为了探究叶用芥菜奶奶青菜资源的多样性水平，基于转录组数据研究了奶奶青菜简单重复序列标记

(EST-SSR)特征，筛选了适合奶奶青菜的EST-SSR引物,并分析了奶奶青菜的遗传多样性。转录组测序分析

共获得46386条非冗余基因(unigene),其中13544条unigene序列中含有18720个简单重复序列(simplese­

quencerepeats,SSR)位点,SSR的发生频率为29.20%，平均每2.73kb出现1个SSR,分布频率为40.36%。

优势重复序列为单核昔酸，占总SSR数量的49.39%，其次为三核昔酸和二核昔酸，分别占总SSR数量的

25.44%和24.13%。AT、AGCT和AAG/CTT分别是单核昔酸、二核昔酸以及三核昔酸的优势重复基元。以

30份奶奶青菜和5份其他芸薑属蔬菜为材料，从37对引物中筛选出17对多态性引物，扩增得到135条多态

性条带，多态性比例达88.2%。遗传多样性分析结果显示，平均等位基因数(N”)为5.7059,平均有效等位基

因数(他)为2.3978,平均多样性指数(/)为1.0361,平均观察杂合度(亿)为0.3121,平均期望杂合度(

为0.5300,平均Neis期望杂合度为0.5219,表明筛选出的17对SSR引物具有较好的遗传多样性。通过非

加权组平均法(unweightedpair-groupmethodwitharithmeticmeans,UPGMA)聚类分析,在相似系数为0.677处

可将30份叶用芥菜奶奶青菜材料分为3类。试验结果可为叶用芥菜奶奶青菜的种质资源鉴定、亲缘关系分

析和分子标记辅助育种等研究提供引物支持和技术参考。

关键词:奶奶青菜;分子标记;转录组;遗传多样性

中图分类号：S637.2文献标志码:A文章编号：1004-1524(2021)09-1640-10

DevelopmentofSSRmarkersbasedontranscriptomesequencingandgeneticdiversityanaly­

sisofNainaiqingcaileafmustard

MAJie12,QUWen2,CHENChunyan1,WANGLei2,MAJun1,LIUZhenshan2,MAWei1,ZHOUPing1,HE

Yuankuan1,SUNBo2,*

(1.BijieInstituteofAgriculturalScience,Bijie551700,China；2.CollegeofHorticulture,SichuanAgriculturalUni­

versity,Chengdu611130,China)

Abstract:InordertoexplorethediversitylevelofleafmustardNainaiqingcai(BrassicajunceaL.),thisstudyin­