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计算机辅助药物设计期末试卷及答案

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

选择题（每题2分，共20分）：

1.下列哪项是计算机辅助药物设计（CADD）的核心目标？

A.合成新化合物

B.预测药物与靶点的相互作用

C.降低药物研发成本

D.以上都是

2.分子对接技术中，“打分函数”的主要作用是？

A.生成小分子构象

B.评估对接复合物的结合亲和力

C.优化靶点蛋白结构

D.筛选虚拟化合物库

3.定量构效关系（QSAR）模型构建中，描述分子结构的参数称为？

A.因变量

B.自变量

C.无关变量

D.随机变量

4.下列哪种技术不属于基于结构的药物设计（SBDD）？

A.分子对接

B.药效团模型

C.分子动力学模拟

D.同源模建

5.虚拟筛选相较于高通量筛选（HTS）的优势不包括？

A.成本低

B.速度快

C.假阳性率低

D.可筛选化合物库规模大

6.分子动力学模拟中，“系综”指的是？

A.分子运动轨迹

B.一组具有相同宏观性质的微观状态集合

C.能量最小化路径

D.溶剂分子排列方式

7.下列软件中，主要用于蛋白质结构预测的是？

A.AutoDockVina

B.GOLD

C.SWISS-MODEL

D.LigPlot+

8.“ADMET预测”在CADD中的主要目的是？

A.优化药物活性

B.评估药物成瘾性

C.预测药物吸收、代谢等性质

D.设计药物递送系统

9.下列哪些是计算机辅助药物设计的技术？（多选题）

A.分子对接

B.高通量筛选

C.QSAR

D.虚拟筛选

10.人工智能在CADD中的应用包括？（多选题）

A.深度学习预测蛋白质结构

B.强化学习优化分子结构

C.传统QSAR模型构建

D.图神经网络生成新分子

填空题（每空2分，共20分）：

1.计算机辅助药物设计的三大核心技术包括：基于结构的药物设计（SBDD）、基于配体的药物设计（LBDD）和__________。

2.分子对接的基本流程包括：受体准备、配体准备、__________、对接后处理与评价。

3.描述分子立体参数的Hammett常数（σ）反映的是取代基对苯环__________的影响。

4.分子动力学模拟中，维持系统温度恒定的系综是__________系综。

5.虚拟筛选可分为__________虚拟筛选和结构虚拟筛选。

6.药效团模型的基本构成要素包括：氢键供体/受体、疏水区域、__________和芳香环中心。

7.用于评估QSAR模型预测能力的指标中，R2表示__________，Q2表示交叉验证系数。

8.AlphaFold2是由__________团队开发的蛋白质结构预测AI工具。

9.在分子对接中，配体的__________是指在结合过程中可旋转的化学键数量。

10.CADD中，“先导化合物优化”的主要目标是提高化合物的__________、选择性和药代动力学性质。

名词解释（每题3分，共15分）：

1.分子对接（MolecularDocking）

2.定量构效关系（QSAR,QuantitativeStructure-ActivityRelationship）

3.虚拟筛选（VirtualScreening,VS）

4.药效团（Pharmacophore）

5.分子动力学模拟（MolecularDynamicsSimulation,MD）

简答题（每题6分，共24分）：

1.简述基于结构的药物设计（SBDD）与基于配体的药物设计（LBDD）的异同点。

2.分子对接中“打分函数”的局限性有哪些？如何改进？

3.简述虚拟筛选的基本步骤及关键注意事项。

4.人工智能（AI）在计算机辅助药物设计中的应用有哪些？举例说明。

计算分析题（12分）：

已知靶点蛋白为HIV-1蛋白酶（PDBID:1HHP），结合口袋关键残基为Asp25、Asp25、Ile50、Val82。现有一候选化合物A（SMILES:CC(C)C1=CC=C(C=C1)C(=O)NC2=CC=C(C=C2)C(=O)NC3=CC=C(C=C3)C(=O)NC(C)(C)C），使用AutoDockVina进行分子对接，得到结果：结合能为-8.2kcal/mol，氢键数量为3，与Asp25的距离为2.5?。请结合结果分析化合物A与HIV-1蛋