MPICH2多节点并行计算设置指南.pdfVIP

table{border-collapse:collapse;}table,th,td{border:1pxsolid#000;}

思想家公社的门口一量化·分子模拟·二次

元

此blog全部文章索引：。计算

化学公坛：。思想家公社（讨论计算化学为主，

加入需注明研究方向）。Sobereva的硬件资料库：

[]mpich2多节点并算的设置

2008-12-2200:57

在单节点上使用mpich2，编译并行amber9并且并行的方法我前面已经介绍过了，下

面介绍mpich2通用的多节点的设置方法，关于amber的并行设置，都在之前的帖子里。

这里用root，fedora7。建立多节点并算，是计算化学工作者必备的能力，这里讲得详

细些。

这里假设有两台电脑，分别叫vmware1和vmware2，IP分别为192.168.0.2和192.168.0.3

在两台电脑上都运行下列步骤：

如果fortran编译器装了ifort，运行exportFC=/opt/intel/fce/10.0.023/bin/ifort

mpich2-1.0.6.tar.gz到/sob，解压到/sob/mpich2-1.0.6，进入此目录，运行：

./configure//默认安装到/sob/mpich2-1.0.6

make

makeinstall

将下面加入/etc/profile:

exportPATH=$PATH:/sob/mpich2-1.0.6/bin

运行

touch/etc/mpd.conf

chmod700/etc/mpd.conf

将下面加入mpd.conf:

secretword

修改/etc/hosts，把里面的内容改为

192.168.0.2vmware1

192.168.0.3vmware2

这样在linux中就可以用主机名称来代替IP了。

修改/root/mpd.hosts，把里面的内容改为

vmware1

vmware2

为了使MPICH2可以在两台电脑上相互传输数据，必须把ssh打通，也就是不用即可

直接用ssh在电脑之间登陆，方法如下：

在vmware1中：

运行ssh-keygen-trsa全都按回车用默认，生成了RSA密钥

cd/root/.ssh

cpid_rsa.pubauthorized_keys

建立本身的信任连接：sshvmware1回答输入yes

在vmware2中：

运行ssh-keygen-trsa全都按回车用默认

把vmware1中的/root/.ssh/*到vmware2中/root/.ssh/全部覆盖

chmod700/root/.ssh/*把.ssh内的文件设为root

sshvmware1回答输入yes

测试ssh:

无论在vmware1还是vmware2，无论sshvmware1还是sshvmware2，现在都应当可以不

输入任何东西直接登陆。可以用这个命令来验证是否无误，比如sshvmware1date，如果

显示了日期，就没问题了。

现在，在任意一台电脑中，输入mpdboot-n2，就在两台电脑上都同时启动mpd了，-n2

代表启动2台上的mpd。要想并算，必须开启mpd才行。如果此时提示无法打开

mpd.hosts，但确实已经在root下建立了mpd.hosts文件，则用mpd.hosts-n2-f

/root/mpd.hosts来具体指定mpd.hosts的位置并启动mpd。

然后运行mpdtrace，察看现在有哪些电脑可以并算了，应当显示：

vmware1

vmware2

假设两台电脑都是双核，运行mpiru