RNA-Seq在果树学研究中的应用.docVIP

  RNA-Seq 在果树学研究中的应用# 冯超，朱长青，徐昌杰，陈昆松** （浙江大学果实品质生物学实验室，农业部园艺作物生长发育与品质生物学实验室，杭州 5 10 15 20 25 30 35 40 310058） 摘要：RNA-Seq 为植物转录组学研究的重要手段，近年来在果树学研究中也有不少成功应 用。本文先简要介绍 RNA-Seq 研究背景及其在果树上的应用概况，然后着重分物种追踪了 柑橘、葡萄、草莓、樱桃、杨梅等果树 RNA-Seq 研究及其应用进展，并就存在的问题和发 展趋势作了讨论。 关键词：果树；第二代测序技术；RNA-Seq；转录组学；果实发育；果实成熟；胁迫 中图分类号：S66 RNA-Seq Technology and its Application in Fruit Research FENG Chao, ZHU Changqing, XU Changjie, CHEN Kunsong (Laboratory of Fruit Quality Biology/State Agriculture Ministry Laboratory of Horticultural Plant Growth, Development and Quality Improvement, Zhejiang University, HangZhou 310058) Abstract: RNA-Seq has been developed as an important tool for plant transcriptome study, and has been successfully applied in fruit research as well. Here the background of RNA-Seq as well as an overview on its applications in fruit research were briefly introduced, and then detailed progresses in RNA-Seq study on citrus, grape, strawberry, cherry, and Chinese bayberry were reviewed. Finally, the problems encountered presently and developmental trends of RNA-Seq were discussed. Key words: Fruit tree; next generation sequencing (NGS); RNA-Seq; transcriptome; fruit development; fruit ripening; stress 0 引言 果树生长发育与性状形成往往由多基因控制，受发育和环境等因素影响，因而以往从单 个基因或单条代谢途径中的数个基因的表达变化入手开展的研究有时难以完整解释其发育 与调控的内在机理，对所有表达的基因进行综合分析逐渐成为果树分子生物学研究的趋势和 热点[1]。上世纪 90 年代至本世纪初，构建 cDNA 并进行 EST 序列 Sanger 测序，成为传统功 能基因组学研究的重要手段，并取得了可喜的进展。但由于费用昂贵、工作量大、实验周期 长，所应用的物种相对比较有限。近年来，伴随着第二代测序技术（next-generation sequencing, NGS）的出现、发展及其在 RNA-Seq（本文的 RNA-Seq 为狭义的定义，主要包含转录组测 序和表达谱测序，而不包括小 RNA 测序和降解组测序等）上的成功应用，开辟了功能基因 组学研究的新纪元。 得益于 RNA-Seq 相对较低的成本、较成熟的商业化运作和对研究的重要指导意义，使 得转录组学已成为果树学研究一个新的切入点和突破点。对于 RNA-Seq 的原理、特点和应 用以及 RNA-Seq 数据处理和分析方法等基本知识，前人[2, 3]已进行了回顾，但均未提及该技 术在果树学研究中的应用。因此，本文在简要介绍 RNA-Seq 研究背景的基础上，先对果树 基金项目：高等学校博士学科点专项科研基金（20090101110099），国家公益性行业科研专项（201203089)， 浙江省科学技术厅国际科技重点合作项目（2009C14023），浙江省教育厅科研项目（Y201122362） 作者简介：冯超（1987- ），男，博士生，主要研究方向：果树功能基因组学 通信联系人：徐昌杰（1972- ），男，教授、博导，主要研究方向：果实生理与分子生物学. E-mail: chjxu@zju.edu.cn -1-