水稻类辅助蛋白家族的生物信息学分析.pdfVIP

基因组学与应用生物学,2011年,第30卷,第1218-1223页 Genomics and Applied Biology, 2011, Vol.30,1218-1223 数据分析 An Analysis 水稻类辅助蛋白家族的生物信息学分析 王爱荣 1,2 , 赵旭 2 , 林文伟 2 , 鲁国东 2 , 王宗华 2 1 福建农林大学计算机与信息学院, 福州, 350002 2 福建农林大学生物农药重点实验室, 福州, 350002 通讯作者: zonghuaw@163.com; 作者 基因组学与应用生物学，2011 年，第 30 卷，第 34 篇 doi: 10.5376/.2011.30.0034 收稿日期：2011 年 06 月 29 日 接受日期：2011 年 06 月 24 日 发表日期：2011 年 07 月 11 日 这是一篇采用 Creative Commons Attribution License 进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用，版权所有人允许和同意第三方无 条件的使用与传播。 建议的引用格式如下： Wang et al., 2011, Bioinformatic Analysis of the Auxilin-like Protein Family in Rice, Jiyinzuxue Yu Yingyong Shengwuxue (Genomics and Applied Biology), Vol.30 No.34 pp.1217-1222 (doi: 10.5376/.2011.30.0034) (王爱荣等, 2011, 水稻类辅助蛋白家族的生物信息学分析, 基因组学与应用生物学, Vol.30 No.34 pp.1217-1222 (doi: 10.5376/.2011.30.0034)) 摘 要 辅助蛋白作为热激蛋白 Hsc70 的伴侣分子在网格蛋白介导的细胞内吞作用中起重要作用。在水稻中还未发现有关 类辅助蛋白的相关研究。为了明确水稻类辅助蛋白的编码基因、种类及其功能，本文对其进行了一系列的生物信息学分析。 结果发现水稻中共有 16 个编码类辅助蛋白的基因，而且都有表达证据存在。这 16 个基因在水稻不同组织和不同胁迫条件下 的的表达情况存在较大差异，说明它们所具有的功能不同。此外，进化分析发现，水稻类辅助蛋白共分为3 个亚类，它们的 分化早于单子叶植物和双子叶植物的分化。研究结果为进一步研究该类蛋白的分子和生物学功能奠定了良好基础。 关键词 水稻; 类辅助蛋白; 基因家族; 进化分析 Bioinformatic Analysis of the Auxilin-like Protein Family in Rice Wang Airong 1,2 , Zhao Xu 2 , Lin Wenwei 2 , Lu Guodong2 , Wang Zonghua 2 1 Computer and Information College, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, 350002, P.R. China 2 Ministry of Education Key Laboratory of Biopesticide and Chemical Biology, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, 350002, P.R. China Corresponding author: zonghuaw@163.com; Authors Abstract Auxilins are important cofactors of Hsc70 in clathrin-mediated endocytosis. The research on auxilin-like proteins of rice has not been published until now. In order to know the genes,