蛋白质折叠问题的蚁群优化算法研究.pdfVIP

第30卷第8期 计算机应用与软件 V01．30 No．8 2013年8月 ComputerApplicationsandSoftware Aug．2013 蛋 白质折叠问题的蚁群优化算法研究 侯 金 彪 (德州学院计算机系 山东 德州 253023) 摘 要 蛋白质是一类重要的生物大分子，在生物体内占有特殊的地位，是生命的主要承担者。而研究蛋 白质的折叠，是生命科 学领域的前沿课题之一。在概述蚁群算法及2DHP蛋白质模型的基础上，针对蛋白质折叠问题提出一种蚁群优化算法，并用几个 比较典型的模型对其进行仿真实验，结果表明该蚁群优化算法在求解蛋白质折叠问题时表现出了良好的性能。实践表明该算法具 有很高的应用价值。 关键词 蛋 白质折叠 蚁群算法 格点模型 中图分类号 TP301 文献标识码 A DOI：10．3969／j．issn．1000．386x．2013．08．080 oN ANT CoLoNY oPT耵 ISATIoN ALGOIUTHM FoR PRoTEIN FOLDING PROBLEM HouJinbiao (DepartmentofComputerScienceandTechnology，DezhouUniversity，Dezhou253023，Shandong，China) Abstract Proteinsaleanimportantclassofbiologicalmacromolecules，theyoccupyaspecialplaceinthelivingcreatureandarethemain bearerofthelife．Thestudyonproteinfoldingisoneofthetopicsattheforefrontofthefieldoflifesciences．Basedonanoverview ofant colonyalgorithm andthe2D HPproteinmodel，anantcolonyoptimisationalgorithm isproposedfortheproteinfoldingproblem．Thenthe simulation experimentonitisconductedwithafew oftypical models，resultsshow thattheantcolonyoptimisationalgorithm demonstrates goodperformanceinsolvingtheproteinfoldingproblem．Thepracticeindicatesthatthealgorithm hasahighapplicatibnvalue． Keywords Proteinfolding Antcolonyalgorithm Latticemodel 食的行为。 0 引 言 生物学研究表明，一群互相协作的蚂蚁能够找到食物源和 巢穴之间的最短路径，而单只蚂蚁却不能。经大量细致观察研 研究蛋白质的折叠 ，是生命科学领域的前沿课题之一。蛋 究发现，蚂蚁个体之间通过一种被称为信息素的物质进行信息 白质是构成一切细胞和组织结构必不可少的成分，是人类生命 传递 ，以达到协同工作的目的。蚂蚁在运动过程中，能够在它所 活动最重要的物质基础。 经过的路径上留下信息素，而且蚂蚁在运动过程中能够感知这 由于蛋白质 的功能与其空间结构密切相关 ，因此对蛋白