基于网格的计算化学过程可视化倡.docVIP

第?２９ 卷第?２ 期 ２０１２ 年?２ 月　  计 算 机 应 用 研 究 Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔｅｒｓ  Ｖｏｌ畅２９ Ｎｏ畅２  基于网格的计算化学过程可视化?倡 １?，２???????????１?，２???????????１???????????１???????????１???????????１ （?１．中国科学院计算机网络信息中心 超级计算中心， 北京?１００１９０?；?２?．中国科学院研究生院， 北京?１０００４９?） 摘　要： 提出了一个基于网格的计算化学过程可视化解决方案，实时地监控计算过程，增加对计算过程的控制。 网格提供了计算作业所需要的大量计算资源，对计算过程的实时监控则增加了对计算过程的控制。 为了达到实 时的目的，针对计算过程中的原子不变性，提出了优化的三维可视化方法?，动态地设定检测的时间间隔，并引入 了断点续传的思想。 关键词： ＯＰＴＶｉｅｗ； Ｊａｖａ３Ｄ； 计算过程可视化； 断点续传； 计算化学； 网格 中图分类号： ＴＰ３１１?　　　文献标志码： Ａ　　　文章编号：?１００１?唱３６９５（?２０１２）?０２?唱０４３２唱０３ ｄｏｉ：１０．３９６９?／．ｉｓｓｎ．１００１唱３６９５?．２０１２?．０２?．００６ Ｇｒｉｄ唱ａｓｅｄ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｖｅ ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ １?，２????????????????????????????１?，２??????????????????????１?????????????????????１??????????????????????????????????１???????????????????????????１ （?１?．Ｓｕｐｅｒ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ Ｃｅｎｔｅｒ， Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｎｅｔｗｏｒｋ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｃｅｎｔｅｒ， Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｂｅｉｊｉｎｇ?１００１９０?， Ｃｈｉｎａ；?２?．Ｇｒａｄｕａｔｅ Ｕｎｉｖｅｒ唱 ｓｉｔｙ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｂｅｉｊｉｎｇ?１０００４９?， Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ： Ｔｈｉｓ ｐａｐｅｒ ｐｒｅｓｅｎｔｅｄ ａ ｇｒｉｄ唱ａｓｅｄ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｖｅ ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ ｐｒｏｃｅｓｓ ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ ｔｏ ｍｏｎｉｔｏｒ ｔｈｅ ｐｒｏｃｅｓｓ ｔｒｏｌ ｔｈｅ ｐｒｏｃｅｓｓ．Ａｓ ａｔｏｍｓ ｗｅｒｅ ｎｅｖｅｒ ｃｈａｎｇｅｄ ｉｎ ｔｈｅ ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎ ｐｒｏｃｅｓｓ， ｔｈｅ ｐａｐｅｒ ｇａｖｅ ａｎ ｏｐｔｉｍｉｚｅｄ?３Ｄ ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ ｍｅｔｈ唱 Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ： ＯＰＴＶｉｅｗ； Ｊａｖａ３Ｄ； ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎ ｐｒｏｃｅｓｓ ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ； ｒｅｓｕｍｅ ｂｒｏｋｅｎ ｔｒａｎｓｆｅｒ； ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ； ｇｒｉｄ  　　计算化学领域的作业计算量大、耗时长，而且计算过程 带有一定的猜测性和试探性，有时候需要用户通过自己的经 验来对计算过程进行取舍。 目前，计算化学在不同的学科分 ［１］ ［２］????????????????????［３］ ［４］???????????［５］ ［６］ 都利用了网格丰富的计算资源，为用户提供了统一便利的使 用平台。 一般而言，分子结构的模拟计算和三维可视化是分离的， 用户通常无法实时地观测到计算过程中分子结构的变化。 然 而，用户在尝试性地给定计算初始参数时，可能存在由于参数 不合适而导致作业盲计算很长一段时间得不到很好的结果。 尤其是对于一些利用网格进行分布式计算的大规模作业，可能 在计算过程完成一部分时就达到了用户期望的效果，多余的计 算只会造成时间和计算资源的浪费。 因此，对计算化学作业的 实时监控，即时地反馈计算过程中的分子信息， 不但能够有效 地避免资源的浪费，而且能够辅助用户更好地控制计算过程， 得到良好的计算结果。 本文根据这一需求给出了一个基于网 格的计算化学过程可视化的方案?（ＯＰＴＶｉｅｗ）?。 ＯＰＴＶｉｅｗ 系统  ［７?］ 个网格交互的平台，并能实时地检测计算过程，将计算过程中 的结果进行实时可视化。 ＯＰＴＶｉｅｗ 系统具有跨平台、实时、响 应迅速和高可视化分辨率等优点。 本文从网格应用的角度出发，对提交至网格的计算化学作 业进行实时监控，对不同计算阶段的分子结构进行三维可视 化，交互式地展示时变数据的实时变化情况。 １?　设计与实现 １畅１?　整体设计 为了使系统低耦合、高内聚、高重