黄瓜茎维管束图像分割与三维可视化技术研究.pdfVIP

2013年2月 农 机 化 研 究 第2期 黄瓜茎维管束 图像分 割与三维可视化技术研 究 闫伟平 ，杜建军 ，郭新宇 (1．首都师范大学 信息工程学院，北京 100048；2．北京农业信息技术研究中心，北京 100097) 摘 要：植物维管束在植物生长发育过程 中扮演了重要角色。针对黄瓜茎序列图像的特点提出了基于区域生 长 的分割框架 ，并结合步进立方体和合成体绘制方法实现 了黄瓜茎维管束 的三维可视化 。结果表 明，该方法准 确分割 出黄瓜茎维管束并实现其几何属性 的测量和分析 ，有利于深入研究维管束 的结构与功能关系。 关键词：维管束 ；区域生长；三维可视化 中图分类号：$126；TP391．41 文献标识码 ：A 文章编号：1003—188X(2013)02—0009—05 Stijn 于2010年使用 x射线获取拟南芥胚轴的序列 0 引言 图像，建立了拟南芥胚轴细胞三维模型。但上述工作 随着计算机科学的快速发展和数据获取手段的 中由于植物组织特征不同，分割方法 比较繁琐 ，本文 进步，基于序列图像的三维重建已成为计算机图形学 针对黄瓜茎图像特点 ，使用的区域生长算法简单 、灵 和虚拟现实领域的研究热点。自1989年美国国家医 活、易操作、工作量小且效率高。 学图书馆提出可视化人体计划 (VisibleHumanPro． 维管束对黄瓜生理生长有着重要的作用，但 目前 ject，VHP)以来 ，韩国和中国等国家相继提出了自己 世界上还较少针对黄瓜茎三维重建的研究。本文以 的数字人计划，通过建立人体多层次和多尺度的数字 黄瓜维管束为研究对象，采用高分辨率相机获取维管 化模型，为研究人体内部组织器官的微观结构和生理 束序列切片图像，结合计算机图像处理和可视化技术 特性提供了基础。基于此建立的技术和方法体系也 重建出维管束三维结构形态，并实现维管束面积、体 逐渐向着植物研究领域渗透，促进了数字植物研究从 积和个数等属性的测量。 群体、单株和器官向着组织与细胞层次深入 1-2]。基 1 数据获取与开发工具 于序列切片的植物组织三维重建结果，能够表达出不 同植物 内部结构形态特征和概貌 ，也可以全方位、多 实验数据使用北京农林科学院提供的京研迷你2 尺度地考察植物内部组织的形态、大小和空间分布关 号黄瓜茎序列切片图像。该序列图片是通过徒手切 系。1996年，由肖小河 领衔的课题组先后建立了郁 片、染色和成像等环节方式生成的，共4O张连续切片 金香、麦冬类、附子类、白芍类和姜黄类等20多种典 图像 ，图像间距为 1401xm。图像获取设备使用 3．0M 型中药的数字可视化三维模型。但是 肖小河早期使 ColorDigitalCamera，其分辨率达到3．2p．m／pixel，获取 图像大小为2048x1536，能够满足对黄瓜维管束成像 用轮廓线和曲线拟合方法得到的三维模型，精度不 的需求。为了提高图像处理效率 ，进一步将图像转换 高，容易失真。中国农业大学的吴海文等人于 2010 为501x551的24位真彩色BMP位图。 年实现了小麦根系的三维可视化，并对根系维管束的 采用VisualC++2008和VTK(V