重复序列PCR与多位点分型技术在热带假丝酵母菌基因分型中的比较.pdfVIP

检验医学2012年 11月第 27卷第 11期 Laborato tcine，!! !! !：! 9l7 · 文章编号：1673．8640(2012)11-0917--04 中图分类号：Q503 文献标志码 ：A 重复序列 PCR与多位点分型技术在 热带假丝酵母茵基因分型 中的比较 江 岑， 董丹凤， 俞焙秦， 彭奕冰 (上海交通大学医学院附属瑞金医院检验科，上海200025) 摘要 ：目的 分析比较重复序列聚合酶链反应 (REP—PCR)与多位点分型技术(MLST)在热带假丝酵母菌基 凶分型中的应用。方法 收集来 自5个地区6家医院的147株热带假丝酵母菌 ，分别以Ca-21、Ca一22、Com-21两 两组合为引物，选用最合适的引物对进行 REP—PCR后通过 电泳获得 REP—PCR型。在不同型别中各挑选 3株采 用 MLST法扩增热带假丝酵母菌的6个管家基因，扩增片段测序后与数据库比对得到相应的序列型 (sequence type，ST)。结果 REP—PCR以Com2l—Corn21为引物对分型效果最好 ，REP—PCR与 MLST分型结果一致 。147株 热带假丝酵母菌产生A～H共 8种 REP—PCR型，分别对应 MLST的ST146、新型 1、ST136、ST127、ST177、ST169、 新型2和ST117。结论 REP—PCR与MLST在热带假丝酵母菌的基因分型中分辨率相同，而 REP—PCR更为方便 迅速，可作为实验室大量菌株分型的首选方法。 关键词：热带假丝酵母菌；REP—PCR；MLST；基因分型 Comparativestudy on genotypingofCandida tropicalisbyrepetitivesequence-based PCR and multilocus sequencetyping JIANGCen，DONGDanfeng，YUBeiqin，PENGYibing． (DepartmentofClinicalLaboratory，Ruijin Hospital，ShanghaiflaotongUniversitySchoolofMedicine，Shanghai200025，China) Abstract：Objective Tocomp~erepetitivesequence—basedpolymerasechainreaction (REP—PCR)and multilocussequencetyping(MLST)ingenotypingofCandidatropicalis．Methods REP—PCRwasperformedon147 clinicalisolatesofCandidatropicaliscollectedfrom 6hospitalsof5provinces．PrimerCa-21，Ca一22andCom-21were usedpairlytofindthemostsuitablepair．ThreeisolatesofCandidatropicalisfrom differentREP—PCR typesweretested byMLST．Six lociin housekeepinggenesweresequenced afteramplification，which werecompared with the MLST databasetoobtainsequencetype(ST)．Results EightREP—PCRtypeswerefoundin147isolatesofCandidatropicalis withprimerCom21一Corn21，which hadthebestgenotypingeffect．TypeA—H werecorrespondingwith5T146，NEW 1． ST136，ST127，ST177，ST169，NEW2 andST117byMLST respectively．Conclusions REP—PCR offersasimpleand rapidmethodform