NRDPT：下一代测序数据的处理方法.pdfVIP

第38卷 第24期 计 算 机 工 程 2012年 l2月 Vol-38 No．24 ComputerEngineering December2012 ·开发研究与设计技术 · 文章维号t100o___3428(20l2)24__0258__04 文献标识码：A 中田分类号：TN9117·3 NRDPT：下一代测序数据的处理方法 张 骏 ，殷 陶 ，陈玲慧 (1．上海交通大学计算机科学与工程系生物智能与信息实验室，上海 200240； 2．台湾交通大学多媒体工程研究所，中国台湾 新竹 30050) 攮 要：随着下一代基因测序技术的发展，其数据处理面临着越来越高的要求和挑战，基因测序软件厂商的基本数据处理程序已经不能满 足实验要求。为此，提出一种新的数据处理方法(NRDPT)。在第3代基因测序原理的基础上，根据边缘信息和霍夫变换重新设计图像的处 理步骤，给出新的基因簇定位算法，并设计两步配准算法。实验结果表明，与传统的直接配准方法相比，该方法能使配准速度提升约9倍。 关健词：下一代测序；基因测序；开源软件；图像处理；图像配准；图像分析；信号处理 NRDPT：ProcessingApproachfor NextGenerationSequencingData ZHANGJun。YIN Tao。CHEN Ling-hweiz (1．BiologicalIntelligenceandInformationLab，DepartmentofComputerScienceandEngineering，ShanghaiJiaotongUniversity, Shnaghai200240，Chnia；2．InstituteofMultimediaEngineering，NationalChiaoTungUniversiyt,Hsinehu30050，China) [Abs~aetlwimthedevelopmentoftheNextGenerationSequencing(NGS1technology,htedefaultrawdataprocessingpipelinefacesmoreand morechallenge．Thispaperpresentsanewdataprocessingpipe1ine_——_NRDP NRDPTdesignsanewrawdataprocessingalgorihtm，basedon edgesandHouhg transform．Inaddition，ahighperformnace2-stepregistrationalgorithmisproposed．Theexperimentalresultsshowthat，basedon htesameprecision，the2-stepspeedsuptheclassicalalgorihtm by9times． [Keywords]NextGenerationSequencing(NGs)；DNAsequencing；opensourcesoftware；imageprocessing；imagealignment；imageanalysis； signalprocessnig DoI：10．3969／j．issn．1000—3428．2012．24．061 那个值的这个过程并不是那么容易，已经有很多文章和模 1 概述 下一代基因测序技术相对于 Sangersequencing…，使 型讨论了这个问题 J，并且得到了不错的结果。 并行化的基因测序技术成为了可能。这种测序方法的原理 随着技术的应用，产生出的NGS数据越来越多，诞 生