p27^Kip1基因启动子区的生物信息学分析.pdfVIP

医学研究生学报 2010年 l0月 第 23卷 第 10期 JMedPostgra，Vo1．23，No．10，October，2010 ·1029 · 论 著 (基础研究) p27脚 基因启动子区的生物信息学分析 管晓翔，陈巍魏 ，陈龙邦，王靖华 [摘要】 目的 生物信息学的发展为通过在线软件预测基因启动子的相关信息提供了众多有重要价值的参考信息。文 中利用生物信息学在线软件预测p27脚基因启动子功能。 方法 获取细胞周期调控因子人p27 启动子全长序列，利用多 种在线相关软件预测出甲基化部位和转录因子结合部位。 结果 该基因启动子序列全长为 3568bp，核苷酸数据库 (Gen— Bank)登录号为E26053。p27 启动子序列中CpG岛存在于2544—2845bp、2876～3511bp处，CpG岛的存在会抑制p27 启 动子的转录。p27 启动子共有 16个转录因子。 结论 基因启动子相关生物信息学的研究，提高了针对启动子的研究效 率，并为预测基因启动子的功能研究提供了重要信息。 [关键词】 p27 启动子区；DNA甲基化；转录因子结合部位；生物信息学分析 [中图分类号】 Q754 【文献标志码】 A 【文章编号】 1008—8199(2010)10—1029-04 Bioinformaticanalysisofthep27Kppromoterregion GUAN Xiao-xiang，CHENWet—wei，CHENLong—bang，WANG Jing—hua (DepartmentofMedicalOncology，SchoolofMedicine，NanfingUniversity／NanjingGeneralHospitalofNanjing MilitaryCommand，P ，Nanjing210002，Jiangsu，China) [Abstract] Objective Bioinformaticsplaysallimportantroleintheidentificationandanalysisoftheputativetranscriptionfac— torbindingregion．Inthisstudy，wepredictedthepotentialCpGislandnadthetranscriptionfactorbindingsitesinthepromoterregionof 7 usingonlinebioinformatietools． Methods Thepromotersequenceofp27 wasobtainedfrom theGenbank，nadthentheCpG islnadsandtrna scriptionfactorbindingsiteswerepredictedbyMethPrimer，Promoter2．0，Promo terPredictionandPromo terSCAN． Results Thefull—lengthofthep27 promotersequence，GenBnakE26053，was3568bp．TheCpG islands，whichinhibitedthetran— scriptionofthep27 promoter，werelocatedonboht 2544—2854bpna d2876—3511bp．Meanwhile，16transcriptionfactorbinding siteswerefoundinthepromoterseuq enceofhumanp27 ． Conclusion Genepromoterrelatedbioinformaticscannotonly improve theefficiencyofgenepromoterresearch，butprovidesignificantinformationforthepredictionofgenepromoterfunction． [KeyWords] p27Kiplpromoterregion；DNAmeth)，lation；Trnasc