确定蛋白质短肽复合物结构新方法.pdfVIP

V o l. 2 1 高 等 学 校 化 学 学 报 N o. 11　 2 0 0 0 年 11 月 　　　　　　　　CH EM ICAL JOU RN AL O F CH IN E SE U N IV ER S IT IE S　　　　　　　　 1742～ 1744　 [ 研究快报] 确定蛋白质- 短肽复合物结构的新方法 1 2 1 李　菲 　李　惟 　沈家骢 ( 1. 教育部超分子结构与谱学开放研究实验室, 吉林大学理论化学研究所; 2. 吉林大学生命科学学院分子生物学系, 长春 130023) 关键词　对接方法; 接触表面几何匹配; 蛋白质短肽复合物 中图分类号　 64 1. 3　　　　文献标识码　 　　　　文章编号　025 10790 (2000) O A 大部分蛋白质蛋白质复合物的三维结构在接触表面都显示出很好的几何匹配. 由于蛋白质的表 面几何形状和其它的一些物理化学性质在分子的专一性相互作用中起了主要作用, 所以, 接触表面几 何形状的互补常常被认为是蛋白质分子识别的基础. 一般来说, 蛋白质接触表面的几何匹配只涉及 5 到 10 几个紧密堆积的氨基酸残基, 因此, 蛋白质与蛋白质配体之间的识别计算可以通过蛋白质与突变 周围的或与蛋白质表面紧密接触的配体肽段的识别计算来实现. Sto ddard 等[ 1 ] 已经利用从M B P 上选 取的八肽成功地计算出接近晶体结构的M B P 受体复合物. 许多研究者已经建立和发展了各种使蛋白 质和其配体对接的几何方法[2～ 8 ] , 在大部分情况下, 用这些方法成功地预测了正确的刚性配体结构. 但这些几何方法或需要对蛋白质和配体接触表面的几何形状分别进行表达[2, 8 ] , 或需要进行复杂的相 [ 5 ] 关计算 , 这对刚性配体与蛋白质的对接计算非常有效, 但对柔性配体的计算不一定有效. 本文提出了一个基于几何匹配的蛋白质短肽对接计算方法, 用蛋白质短肽复合物的回旋半径作 为分子几何匹配的判据, 用该判据可以筛选出好的几何匹配, 而不需要对接触表面进行预先描述. 我 们把该方法应用于丝氨酸蛋白酶与六肽抑制剂片段的刚性和柔性对接计算, 并成功地预测了六肽配体 的三维空间结构. 1　计算体系和方法