苏云金芽孢杆菌kurstaki亚种几丁质内切酶基因的生物信息学分析.pdfVIP

江苏农业学报 (Jiangsu ofAgr．Sci．)，2008，24(6)：815～819 815 苏云金芽孢杆菌 kurstaki亚种几丁质 内切酶基 因的 生物信息学分析 钟万芳 ， 阎文昭 ， 蔡平钟 ， 吴淑华 ， 方继朝 (1．江苏省农业科学院植物保护研究所，江苏 南京 210014；2．四川省农业科学院生物技术核技术研究所，四川 成都 610066) 摘要： 以苏云金芽孢杆菌库斯塔克亚种 (Bacillusthuringiensissubspkurstaki)基因组DNA为模板，利用 1对特 异性引物通过TouchdownPCR方法扩增了长为 2576bp的几丁质酶kchi基因序列 (GenBank登录号 ：AY189740)。 生物信息学分析发现：该序列包含 1个完整的开放阅读框，编码688个氨基酸 ，推测是分子量约为75820。等电点 pI=5．89的几丁质酶前体。序列和结构比较分析结果表明：Kchi属于几丁质内切酶，包括几丁质酶催化区、粘蛋白 Ⅲ型同源区和几丁质结合区3个结构域 ，在N端还有 1个分泌信号肽。除与胁 巴基斯坦亚种几丁质酶同源性较低 (相似性为61．3％)外，与 其他亚种的同源性都较高 (／92．0％)。 关键词：苏云金芽孢杆菌；几丁质酶；生物信息学 中图分类号： Q754 文献标识码 ：A 文章编号： 1000-4440(2008)06-0815-05 BioinformaticsAnalysisofBacillusthuringiensissubspkurstakiEndochiti- naseGene ZHONGWan．fang ， YAN Wen—zhao ， CA1Ping—zhong ， WU Shu—hua。 FANGJi—chao ， (1．InstituteofPlantProtection，JiangsuAcademyofAgriculturalSciences，№ ng210014，China；2．InstituteofBiologyandNuclearTechnology，Si— chuanAcademyofAgriculturalSciences，Chengdu610066，China) Abstract： Usingapairofspecificprimers，chitinasegene(kchi)wasamplifiedbytouchdownPCRfromBacillus thuringiensissubspkurstakigenomicDNA，andthensubclonedintopGEM—Teasyvector．Bioinformaticsanalysishasshown thatkchisequence(GenBankaccessionnumber：AY189740)with8lengthof2670bpcontainsanopeningreadingrfame (ORF)andencodes688aminoacidswithMr=75．82kDaandpI=5．89．ItwasdemonstratedthatKchichitinasewasen— dochitinaseandcontainedasignalpeptideandthreefunctionaldomains：achitinasecatalyticdomain．afibronectintypeⅢ likedomain，andachitin—bindingdomain．Theaminoacidsequencesofkchigeneshowshighdegreeofidentity (≥ 92．0％)tothoseofBtchitinaseexceptthatofBtsubsppakistanichitinaseA71(61．3％ similarity)． Keywords： Bacillusthuringiensis；chitinase；bioinformatics 在化学农药所造成的环境污染、害虫抗药性增 防治上的应用引起 了广泛关注。苏