青岛地区肾综合征出血热病毒基因分型.pdfVIP

检验医学2011年8月第26卷第8期 LaboratoryMedicine，August2011，Vol26．No8 · 523 · 文章编号2011)08-0523-04 中图分类号：R373．9 文献标志码：A 青岛地区肾综合征出血热病毒基因分型 程茂玲， 乔 刚 (胶南市人民医院，山东 胶南 266400) 摘要：目的 调查青岛地区肾综合征出血热病毒的流行情况，研究病毒在该地区的分子流行病学特征及基 因分型。方法 采集64例肾综合征出血热(HFRS)急性期患者血清标本 ，提取血清中病毒 RNA作为模板。根 据GenBank中汉坦病毒基因序列 ，设计HTN型和SEO型的通用外套引物，同时分别设计 HTN型特异性引物和 SEO型的特异性引物作为内套引物。采用逆转录聚合酶链反应 (RT—PCR)扩增汉坦病毒基因组 M片段G1区基 因序列并测序。测序结果利用 DNAStar软件进行核苷酸序列分析。结果 在64例标本中用 HTN型特异性引 物扩增阳性6例，占9％；用SEO型特异性引物扩增阳性25例，占39％；总阳性率为48％。总体来看，青岛地区 流行的汉坦病毒以SEO型为主。SEO型汉坦病毒间核苷酸序列的差异相对较小，在核苷酸序列水平其基因的 离散度为0．3％～8．9％。HTN型汉坦病毒的变异率较高，其基因的离散度为2．6％一1I．2％。结论 青岛地区 汉坦病毒的流行以SEO型为主，HTN型并存，其中HTN型主要发生在胶南市。 关键词：汉坦病毒；HTN型；SEO型；M区基因；基因分型 AnalysisofthegenotypingofhantavirusinQingdao CHENGMaoling，QIAO (~aonanPeopleS Hospital，ShandongJiaonan266400，China) Abstract：Objective Toreserachtheepidemiccircumstanceandinvestigatethemoleculra epidemiological chraacteristicsandgenotypingofhantavimsinQingdaoareaofShandongProvince．Mehtods The46 serumsamples werecollectedfrompatientsofhemorrhagicfeverwithrenalsyndrome(HFRS)，andthevirusRNAwasextractedas pattern．AccordingtothehantaviursgenesequenceofGenBank，HTNandSEOuniversalprimersweredesignedasouter primers，andHTN andSEO specificprimersasinnerprime~．G1genesequenceofM fragmentfrom hantaviursgenome wasamplifiedbyreversetranscriptionpolymerasechainreaction(RT—PCR)andanalyzed．DNAStrasoftwarewasused tonaalyzenucleicacidsequence．Results Six(9％)caseswerepositivewithHTNspecificprimer，and25(39％) caseswerepositivewith SEO specificprimer．Thetotal positiveratewas48％．SEO typewasprevalentin hantaviurs epidemiologyinQingdao．ThevariationofthenucleotidesequencesamongSEOtype(nucleotideseuqencedivergence rnagingrfom0．3％一8．9％)waslowerthna thatamongHTNtype(nucleotidesequencedivergencerangingfrom2．