鸡NLRC5基因克隆及生物信息学分析.pdfVIP

2013年第49卷第13期 Geneticsand 鸡NLRC5基因克隆及生物信息学分析 马 腾1，常图斌p，胨 蓉1，张 颖1，戴爱琴1，徐 琪-，陈福斌2，朱金金2，陈国宏p (1．扬州大学动物科技学院，江苏扬州225009；2．江苏如东县狼山鸡种鸡场，江苏如东226407) 摘 308 1137 与哺乳动物同源性较低，转录本全长7047m，5’U’IR bp、3’U’11It bp。基因定位在11号染色体，共49个外 显子，转录本可能存在可变剪切体；基因上游2kb包含C—Rel，AP一1等天然免疫信号通路重要转录因子结合位 点和启动子元件；以及1个944 表观遗传的调控。在天然免疫及适应性免疫中的作用与哺乳动物相似。 关键词：基因克隆；NLRC5基因；RACE；生物信息学；狼山鸡 中圈分类号：S831．2 文献标识码：B 天然免疫系统是机体抵抗微生物感染的第1道 周龄狼山鸡的脾脏，并置于液氮中暂存。 防线，在抗感染中发挥重要作用。目前，研究认为天 1．2 NLRC5 然免疫参与并调控适应性免疫应答的启动。其中 获得cDNA，置于之帆]保存。 NLR样受体家族是天然免疫系统的一类信号转导型 受髋NLR∞瞬于NLR家族【l-2】，是该家族近几年受到 关注的一个信号蛋白。有研究表明，NLR岱基因不仅参 与天然免疫也在适应性免疫中也扮演重要角色【，卅。 5R1：5’一rITITA 目前在家禽中对该基因的研究尚未见报道，国外对 TaKaRa GG一3’。PCR体系为1斗L反转录产物，0．2斗L LA 该基因的研究主要集中于人类和小卧--刀。在NCBI数 7aq，2wLloxIAPCRBufferII(Ms 据库中，只有少数短克隆序列以及EST序列覆盖该 94。C2 转录本部分区域，系统预测所得全长数据有缺失和 min预变性，98℃208，68。C6rain循环35次，最后 错误外显子定位。因此，完整克隆和分析鸡NLRC5基72℃延伸10 因，以及对开放阅读框翻译所得氨基酸序列的分析， 产物。对PCR产物进行切胶回收(TaKaRa Gel 是深入探索NLRC5在家禽抗病中发挥作用的基础。 DNAExtractionKit Agarose 本研究以狼山鸡为素材，克隆NLRC5的全长cDNA，隆，挑取阳性菌，小提质粒后送宝生物工程(大连) 进行一系列生物信息学分析，为后续多群体、多品种 有限公司测序。 的大规模SNP筛查以及抗性的关联分析提供可靠的 1．3 5’及3’RACE以及NLRC5cDNA全长的拼接为 基因内含子与外显子的定位信息，同时也为进行细 进一步的获得NLRC5的完整转录产物，设计引物：5’一 胞水平研究提供可靠的序列。 CCT— 1材料与方法 1．1 实验材料采集江苏如东狼山鸡种鸡场的12 收稿日期：2012—09—15；修回日期：2012—11—02 5’_FuuRACEKit以及 UTR(实验方法和步骤见TAKARA 资助项目：国家自然科学基金项目(311721