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2012年9月 Vol.30 No.9
September2012 ChineseJournal of Chromatography 857 ~863
研究论文 DOI:10.3724/ SP.J.1123.2012.06021
蛋白质组质谱分析中基于串并联支持向量机的
肽段色谱保留时间预测方法
∗
张纪阳 , 张代兵, 张 伟, 谢红卫
(国防科学技术大学机电工程与自动化学院,湖南 长沙410073)
摘要:基于质谱的大规模蛋白质鉴定中,在线液相色谱分离发挥了重要作用。 色谱保留时间(retention time,RT)
是肽段鉴定和定量的重要信息。 由于整个色谱分析运行时间中,流动相中的有机相采用了非线性浓度曲线以及样
品中肽段之间的相互影响等因素,基于肽段序列的RT预测还存在精度不高、模型推广性能差等问题。 本文提出了
一种基于串并联支持向量机(serialandparallelsupportvectormachine,SP-SVM)的RT预测方法,能够表征洗脱
过程中有机相浓度的非线性变化和肽段之间的相互影响,显著提高了肽段保留时间预测的精度。 利用复杂样本数
据集验证结果表明,预测RT和实验RT之间的决定系数达到了0．95,超过95% 的鉴定肽段的RT预测误差范围小
于总运行时间的20%,超过70% 的鉴定肽段的RT预测误差范围小于总运行时间的10% 。 本文提出的模型的性能
达到了目前已知的最好水平。
关键词:液相色谱-质谱;串并联支持向量机;保留时间;预测精度;肽段鉴定;蛋白质组学
中图分类号:O658 文献标识码:A 文章编号:1000-8713(2012)09-0857-07
A new peptide retention timeprediction method for mass
spectrometry based proteomic analysis by a serial and
parallel support vector machine model
∗
ZHANGJiyang ,ZHANG Daibing,ZHANG Wei,XIE Hongwei
(School of MechatronicEngineering andAutomatic Control,
National University of Defense Technology,Changsha410073,China)
Abstract:The online reversed-phase liquid chromatography (RPLC) contributes a lot for the
large scale mass spectrometry basedprotein identification in proteomics. Retention time (RT)
asanimportant evidencecanbeusedtodistinguishthefalsepositive/ truepositivepeptideiden-
tifications. Becauseofthenonlinear concentration curveof organicphaseinthewholerangeof
runtimeandtheinteractionsamongpeptides,thesequenceba
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