H5N1禽流感病毒血凝素基因密码子的变异_史卫峰.pdfVIP

中国科学 C 辑 :生命科学 2008 年 第 38 卷 第 10 期 : 949 ~ 955 SCIENCE IN CHINA PRESS H5N1 禽流感病毒血凝素基因密码子的变异 ①* ② ③ ④ ④ ④ ① 史卫峰 , Mark J Gibbs , 张彦周 , 庄东明 , 顿爱社 , 于广福 , 杨娜娜 , Robert W Murphy⑤, 朱朝东③* ① 泰山医学院生命科学研究所, 泰安 271000 ； ② School of Botany and Zoology, Faculty of Science, Australian National University, ACT 0200, Canberra； ③ 中国科学院动物研究所, 北京 100101 ； ④ 泰山医学院基础医学部, 泰安 271000 ； ⑤ Department of Natural History, Royal Ontario Museum, Toronto, ON M5S 2C6, Canada * 联系人, E-mail: weifeng_cau@; zhucd@ 收稿日期: 2008-04-17; 接受日期: 2008-07-26 摘要 应用固定效应似然模型研究了作用于 H5N1 禽流感病毒血凝素基因的选择 关键词 压力. 研究发现, 除2000 年以外, 1997~2007 年, H5N1 病毒的血凝素基因都受到正选 正选择压力 择压力的作用. 东南亚、中国香港和中国大陆的血凝素序列氨基酸多态性最复杂, 并 H5N1 禽流感病毒 且具有相似的非同义突变模式. 大部分地区的 H5N1 病毒血凝素基因的一些位点受 血凝素 到正选择压力的影响, 并且其中一些位点在不同地区的病毒中具有不同的氨基酸模 密码子 式. 另外, 正选择压力对分离自欧洲、非洲和俄罗斯以及不同宿主类型的H5N1 病毒 产生了不同的影响. 一个位点只在取自人类的病毒中被发现受到正选择压力的影响. 尽管一些受到正选择压力的位点的功能尚不清楚, 但是本文的分析提供了 H5N1 禽 流感病毒适应不同时间、地点和寄主的遗传证据. 如果一个氨基酸位点非同义(nonsynonymous, 细胞膜融合[2]. 而且 HA 基因的某些氨基酸位点参与 dN)核苷酸替代速率显著地超过其同义(synonymous, 编码主要的表面抗原以中和宿主产生的抗体. 更重 dS)核苷酸替代速率, 那么我们称这个位点受到正选 要的是, H5N1 禽流感病毒HA 基因的密码子突变可能 [3] 择压力作用(positive selection pressure), 反之为负选 有利于病毒获得从侵染禽类到侵染人类的能力 . 择压力作用(negative selection pressure) [1] . 如果负选 Fitch 等人[4] 的研究表明, 作用于人 H3N2 流感病 择压力作用一组突变体, 那么导致氨基酸改变的突 毒 HA 密码子的正选