基于生物信息学分析微小隐孢子虫含 WD40结构域的蛋白功能.pdfVIP

中国人兽共 患病学报 2014。30 (6) ChineseJourna1ofZoonoses 583 DOI：10．3969／cjz．j．issn．1002—2694．2014．06．008 基于生物信息学分析微小隐孢子虫含 WD40结构域的蛋 白功能 陈 川，荆春 霞，张鲍欢 ，张丽菊，黄伟煌，井立鹏 ，东 方，杨 光 摘 要 ：目的 对微小隐孢子虫中含 WD40结构域 的蛋 白进行生物信息学分析，分析该蛋 白家族的WD40结构并预测其 功能，为微小隐孢子虫基 因功能的研究提供一定的基础理论 。方法 通过隐孢子虫基 因组数据库收集数据 ，获得微小隐孢子 虫含 WD40结构域蛋 白家族 的序列信息，搜索每个蛋 白的CDD结构域并进行 NCBIBLAST比对分析 ，确定为WD40结构域 家族蛋 白，分析结构域并预测功能。结果 在 C．parvum IowaII中共搜索到 50个含有 WD40结构域 的蛋 白，其 中cgdl一 1930、cgd5 740和cgd4—3360含有 CAF1C—H4一bd超家族结构，可能参与DNA修复和 DNA复制过程；cgd4～260含有 ACE1一 ～ Secl6-like超家族 ，可能参与囊泡的形成和物质运输 ；cgdl一2600含有 TAF5一NTD2结构域 ，可能参与蛋 白与蛋 白的相互作用 。 结论 在微小隐孢子虫中，WD40蛋 白家族不仅可能单独发挥作用 ，而且还能通过相互辅助、结合发挥其生物效应 。 关键词 ：微小隐孢子虫；WD40结构域 ；生物信息学分析 ；功能预测 中图分类号 ：R382．3 文献标识码 ：A 文章编号 ：1002—2694(2014)06—0583—05 Functionofproteinswith W D40domain inCryptosporidium parvum basedon bioinformatics CHENChuan，JING Chun—xia，ZHANGBao—huan，ZHANGLi—ju， HUANG Wei—huang，JING Li—peng，DONG Fang，YANG Guang (MedicalCollege，Ji’rlarlUniversity，Guangzhou510632，China) ABSTRACT：Bioinformaticsresearch abouttheWD40domain contained proteinfamilyofCryptosporidium parvum was conductinthisstudy，andthenstructureanalysisoftheWD40domainanditsfunctionpredictibnwouldprovidesomebasicthe- oryforCryptosporidium parvum genefunctionstudies．Firstly，basedonthedatacollection，weacquiredWD40domaincon— tainedproteinfamilyssequences．Then theCDD domainsearch andalignmentanalysiswereconductedthroug