锈斑蟳的COI基因序列的扩增和分析.pdfVIP

中山大学研究生学刊 (自然科学、医学版) 第30卷第3期 JOURNALOFTHEGRADUATES VOL．305103 2009 SUNYAT—SENUNIVERSITY (NATURALSCIENCES、MEDICINE) 2009 锈斑蜱的 COI基 因序列的扩增和分析 黄映萍 (中山大学生命科学学院，广州510275) 【内容提要】本研究通过扩增了广东南海汕尾海域锈斑蚌COI基因的部分序 列 ，初步分析 了该海域锈斑婚的种群遗传 多样性。614bp的COl序列共捡测到 l1个多态性位点数 (polymorphicsites)，其中包含 9个单变异位 点 (singleton variablesites)，2个 简约信息位点 (parsimonyinformativesites)，平均核苷酸变 异位点 (K)为2．778，核苷酸 多样性指数 (Pi)为0．00455。所检测的9个锈 斑蜉个体 中共定 义 了 7个单倍 型 (Haplotype)，单倍 型 多样性 指数 为 (Haplotypediversity)0．787。总体分析表明，广东汕尾海域锈斑蜉遗传多样性 程度比较均匀，种质资源总体丰度相对可观。 【关键词】遗传多样性；单倍型；COI基因 锈斑蝠 (charybdisferiatus)隶属于梭子蟹科，蝠属，为近海 中型的暖水种，广泛的 分布于中国的广东、福建、台湾，及 日本、澳大利亚、印度洋等。浙江等地俗称 “花 蟹”，海南、广东等地俗称 “红花蟹”，为一种海产大型食用蟹类。对 中国东海 中南部 及南部海域的锈斑蝇数量分布和生物学特点的调查发现 J：锈斑蝇主要分布在 80m以 内近海，渔获量随季节的变化很大，一般冬季渔获量最大，周年渔获量居于各种蟹类的 第3位。目前，随着三疣梭子蟹资源的衰落，锈斑蜉 日益引起人们的普遍关注；并成为 海洋捕捞对象之一。因此，有必要弄清我国野生的锈斑蟪群体的遗传多样性和种质资源 状况，建立最合适的开捕规格，为合理利用该资源提供科学依据 ，从而促进锈斑蝇的资 源保护和人工养殖的可持续发展。 线粒体 DNA (mtDNA)遗传方式为母性遗传 ，与核基因 DNA相 比，具有结构单 一 ， 一 级结构的碱基突变率高，进化速度快等特点 ]，因此可以根据不同物种以及物种 亲缘关系的远近以及研究的水平 (种上水平和种下水平)选取合适的线粒体基因片段， 构建可信度比较高的系统发育树和物种的遗传多样性状态或者种群结构。随着分子生物 技术的发展特别是测序技术的飞速进步，通过测定线粒体 DNA全序列或一些基因的序 列已经成为了研究生物的系统发育和种群结构的一种有效方法。目前，已经测定了三疣 收稿 日期 ：2009—09—16 作者简介 ：黄映萍 (1985一)，湖南省株洲市人，女，中山大学生命科学学院动物学专业2008 级硕士研究生。研究方 向：群体遗传学；E—mail：nlerryhunan@163．com． 中山大学研究生学刊 (自然科学、医学版) 二oo九年第三期 梭子蟹 (Portunustrituberculatus) 、中华绒螯蟹 (Eriocheirjaponicasinenesis)j、蓝蟹 (CaUinectess叩 ) 的全线粒体基因组。不同的线粒体基 因进化速率也是不相同的， COI基因的进化速率比较适中，相对 12SrRNA和 16SrRNA突变率较高 而比D—loop 区的进化速率慢，在蟹类中主要用亲缘关系比较近的物种的研究。对 中国东海沿海三疣 梭子蟹COI基因测序分析 表明我 国的三疣梭子蟹遗传多态性 比较低 ，地理种群间的 基因流不高；同时联合D—loop区和 CO1基因分析我国沿海的三疣梭子蟹表明我国三疣 梭子蟹不同的野生地理种群还是存在一定的遗传分化的¨ ；对 日本以及朝鲜六个地理 种群的马尾蟹 (Erimacrusisenbeckii)的COI基因测序分析研究了其遗传变异和种群结 构 12]；利用 COI基因序列阐明了台湾西南部泽蟹属 (Geothelphusa)和青