C-O-019-微纳流体过滤器中DNA电泳的杂化分子动力学研究-汪蓉.pdfVIP

微纳流体过滤器中DNA 电泳的杂化分子动力学研究 汪 蓉 （南京大学高分子科学与工程系，南京210093 ） 人类对于生物体系的理解大大地依赖于对各种生物分子和生物粒子（如亚细 胞器，病毒，囊泡等）进行高效而准确的分离和分级。各种无规的纳米孔膜能够 分离和过滤生物分子。凝胶电泳是根据DNA 的长度不同而进行分离的一种标准 方法。但是随着DNA 链长的增加（大于40000bp ，即40kbp ），凝胶电泳的分离 效率大大降低。而基于MEMS 的微纳流体过滤器和传统的纳米孔膜相比具有很 多优点。这种微纳过滤器不像无规凝胶或者高分子塑胶，我们可以准确的控制微 纳流体的尺寸和形状；也可能改变微纳流体分子筛的化学性质，他们的分离机理 也有可能不同；而且所用的材料在化学和力学性能上优于高分子凝胶等。目前， 从理论和实验证明可以利用微纳流体过滤器过滤和分离生物分子。由于比较容易 设计出适用于分离生物大分子的分子过滤器，因此，能够成功用于分离长链DNA 分子。除了能用于高分子分离之外，还可以用于对其动力学过程进行研究。 最近，美国MIT 的Han 和Craighead 引入了和分子的维度大小差不多的熵俘 获阵列的微纳过滤器，这个体系可以利用静电场快速分离长链DNA 分子（20kbp －1Mbp）。并且，不需要利用凝胶或者高分子溶液作为分离介质。图1 是微纳过 滤器熵俘获阵列的设计模型，它包括了微纳过滤器的厚薄相间的区域。 本文提出了一种粗粒化的杂化分子动力学方法，可以显式考虑溶剂并利于研 究生物大体系。以Han 的模型为例，在三维基础上利用此方法研究了带电的DNA 链在一些厚薄相间的微纳器件中的动力学行为。图2 给出了在电场作用下，不同 链长DNA 链的运动情况。在电场作用下，DNA 链交替进入厚的区域和薄的区域， 分别经历了熵逃逸和熵俘获（entropic escape and entropic trap ）。在厚的区域，由 于长链DNA 分子具有更大的自由度，因而它可以利用较少的时间进入薄的区域， 再加上长链DNA 分子在薄的区域表现出更大的变形性，见图3 。由于薄的区域 的深度远远小于厚的区域的深度，并且小于DNA 分子的回转半径，它相当于分 子筛。在厚的区域，DNA 分子可以形成球形的平衡构型，而在薄的区域DNA 分 子极度变形。通过电场的驱动，DNA 分子交替进入薄的区域和厚的区域。由于 熵俘获限制了DNA 分子的迁移，因而DNA 分子的迁移率和DNA 分子的长度是 相关的。有趣的是，在这样的微纳过滤器中，长链DNA 分子具有较高的迁移率。 因此这种厚薄相间的微纳过滤器有利于分离长链DNA 分子，突破了以往的凝胶 电泳分离长链生物分子效果差的不足。本研究结果从理论上解释了DNA 在微纳 流体过滤器中的电泳行为。更为重要的是杂化的分子动力学方法有利于研究一些 —————————— 国家自然科学基金资助项目（批准号 Email: rong_wang2001@163.com 生物大体系，并充分考虑溶剂对DNA 分子运动的影响。 t z s t y l x L / 2