应用BIGIS-4测序系统完成Glaciecolamesophila.pdfVIP

中国科学: 生命科学 2011 年 第41 卷 第7 期: 544 ~ 549 SCIENTIA SINICA Vitae SCIENCE CHINA PRESS 论 文 应用BIGIS-4 测序系统完成Glaciecola mesophila sp. nov. 的全基因组测序和组装 ①† ①† ② ② ③ ① ① ① 袁丽娜 , 任鲁风 , 李运涛 , 韩伟静 , 俞勇 , 楚亚男 , 刘贵明 , 于丹 , 滕明静① ① ① ② ②* ①* , 王亮 , 王绪敏 , 周晓光 , 俞育德 , 于军 ① 中国科学院北京基因组研究所, 中国科学院基因组科学及信息重点实验室, 北京 100029; ② 中国科学院半导体研究所, 集成光电子学国家重点实验室, 北京 100083; ③ 中国极地研究中心, 国家海洋局极地科学重点实验室, 上海 200136 † 同等贡献 * 联系人, E-mail: yudeyu@; junyu@ 收稿日期: 2011-05-09; 接受日期: 2011-06-10 中国科学院科研装备研制项目(批准号: YZ200823)、国家自然科学基金(批准号:和中国科学院北京基因 组研究所自主立项经费资助 摘要 BIGIS-4 是中国新一代基于焦磷酸测序技术的测序仪. 本实验利用 关键词 BIGIS-4 完成了对Glacielola mesophila sp. nov.(Gmn) 的全基因组测序. Gmn 是一 Glacielola mesophila sp. nov. BIGIS-4 测序系统 株从海洋无脊椎动物体内分离到的革兰氏阴性菌. BIGIS-4 测序得到 152043 个 海洋环境的适应 高质量的测序片段, 平均读长 406 bp. 测序片段由 BIGIS-4 系统后处理模块组 装. 除单核苷酸同聚体引起的测序错误外, 测序结果中没有检测到其他低质量 错误. Gmn 基因组全长5144318 bp, 共注释得到4303 个基因, 其中有大量的代谢 基因, 与菌种在海洋表面非脊椎动物的生长环境相关. Gmn 的冷适应和信号转 导相关基因为其对海洋低温环境的适应提供了依据. Glaciecola 属细菌作为优势微生物广泛存在于海 提供直接线索. Glaciecola mesophila sp. nov. (Gmn) 由 冰、极区海水、海洋沉积物等海洋低温环境[1~8]. 该 俄罗斯日本海Troitsa 海湾Halocynthia aurantium 标 属的多数成员能产生氧化酶、过氧化氢酶、酯酶、淀 本的内液分离得到[1]. 实验室中, Gmn 在 3%(质量体 粉酶、琼胶酶、/半乳糖苷酶、木聚糖等多种大分 积比) NaCl, pH 7.5, 25 ℃条件下生长状态最好, 在低 子及细菌多糖降解酶类, 同时还参与海水中原油的 于 10 ℃和高于 37℃时不能存活. 当盐浓度降至 生物降解[9]. 这些生物学特征表明, Glaciecola 属细菌 1%(质量体积比)NaCl 时, 菌株扩增缓慢, 高于 6%时 在海洋低温生态系统的物质循环中起重要作用.