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炭疽芽孢DNA适配子结构与长度对亲和力的影响_医学论文 炭疽芽孢DNA适配子结构与长度对亲和力的影响_医学论文 作者：甄蓓　宋亚军　郭兆彪　王 津　俞守义　杨瑞馥 【关键词】 芽孢杆菌 关键词: 芽孢杆菌，炭疽配体亲和力 摘 要:目的 研究炭疽芽孢适配子结构与长度变化对其与芽孢之间亲和力的影响. 方法 人工合成f77-1适配子序列，并构建在其7条突变体序列，将这些寡核苷酸序列分别与炭疽芽孢结合，利用TMB显色系统判断读取吸光度A值，确定各序列与芽孢间亲和力大小同时通过核酸序列分析软件包模拟各序列的二级结构，推断适配子的结构与亲和力之间的关系. 结果 适配子f77-1与突变体中的f77-3与芽孢亲和力较好，约是突变体中f77-4亲和力的11倍，二级结构显示:f77-1，f77-3都具有茎环或发卡结构，且3’端都有连续3个G. 结论 适配子5’端的茎环结构和发卡结构是这些寡核苷酸序列与芽孢结合的结构基础，3’端的连续3个G可能对提高亲和力起着重要的作用. 　　Keywords:Bacillus anthracisligandsaffinity Abstract:AIM To determine the effects of aptamers length and structure on its binding affinity to spores of Bacillus an-thracis vaccine strain A.16R.METHODS An oligonu-cleotide aptamer f77-1and its seven mutants were synthe-sized.Binding of oligonucleotides to spores was visualized by biotin-streptavidin-horseradish peroxides system.All theo-retical secondary structures were caculated using the Fold subroutine of the DNASIS v2.5software package based on a free energy minimization algorithm.RESULTS Affinities of the aptamer f77-1and mutant f77-3were11times higher than that of mutant f77-4.And the theoretical secondary structures calculated showed that they had stem-loop or hair-pin at5’end of the aptamer and mutant and GGG sequences at3’end of the structures.CONCLUSION Stem-loop and hairpin at5’end of the aptamer work as main motif in the in-teraction between oligonucleotides and spores.Meanwhile，GGG sequences at3’end of the aptamer play an important role in determining its binding capacity. 　　0 引言 　　核酸技术及其相关学科的发展对核酸的功能有了新认识［1-3］ .研究表明，核酸分子依赖于其高级结构形成的构象，与靶物质特异性结合.这种核酸分子称为适配子（aptamer），其原意源于拉丁语“aptus”（适合），它是从一个随机单链寡核苷酸库中经体外SELEX（systematic evolution of ligands by expo-nential enrichment）技术筛选出来的.适配子与靶物质的结合是结构依赖性，而不是序列依赖性的，适配子这种与靶物质结合的特性同抗体与抗原结合的特性非常相似［4］ .我们以炭疽芽孢为靶标，用SELEX技术进行了18轮筛选的适配子之一的序列f77-1和其7条突变体，分别进行亲和力检测和计算机二级结构的模拟分析，探讨适配子的结构与长度对亲和力影响的规律. 　　1 材料和方法 　　1.1 材料 适配子f77-1及其突变体设计与合成:f77-1是以炭疽杆菌芽孢为靶标、从随机区域为35个核苷酸DNA寡核苷酸库中用SELEX技术经18轮筛选出的某一个适配子序列，其长度为32个核苷酸［5］ 又分别在其3’端和5’端进行了不同核