分子系统发育树构建的简易方法.pdfVIP

第7卷第3期 生物信息学 v01．7No．3 ofBioirdb咖atics 2009年09月 ChimJou巾丑l Sep．，2009 分子系统发育树构建的简易方法 田鹏，刘占林。 (西部资源生物与现代生物技术教育部重点实验室，西北大学生命科学学院，西安710069) 摘要：以系统发育树构建的原有距离方法为基础，吸取了NJ法和刑法中的部分理论，提出了以节点引入为手段的新的简易 方法，通过该方法构建了分子系统发育树，结果表明这种方法更加快捷，而且所得结果与刑法完全一致。 关键词：系统发育树；NJ法；刑法；节点引入法 中图分类号：Q941文献标识码：B 文章编号：1672—5565(2009)一03—232—02 A Inethodt0c0I塔truct siInple the tree pllylogenetic ，ⅡAN Zhan．Lin’ Pe嚷，UU (研肠删吖矿如M黝研删如蝴加耽娜‰，慨叻矿‰， 蛳矿峰尉鼎珊，Ⅳo厅h圯站‰蚵，施’帆7_加蚴，傀讹) newkindofdistance in删ucedt0cons呻ct山e is Abs咖Ict：A r11E吐hod，酬node injection(NI)，is phylogen鲥cⅡ_ee．nehyp0山esis 0nnle based NIisthe阳lTleas岫ofFM， neighborjoirIiIlg(NJ)锄dt}leFitch—Ma即li舾h(Ⅲ)rnethod．Phylogenetic抵Tecons呲tedby but mn￡臧er． NJ me曲0d 1【eyWords：phylogene￡ictree；neighborjoiIliIlg(NJ)IIlf汕0d；ntch一～Iall科i蹈h(FM)眦thod；nodeinjec“on 、 分子系统发育分析是指在分子水平研究物种 1方法简介 之间的进化关系，它直接利用从核酸序列或蛋白质 分子提取的信息，作为物种的特征，通过比较生物分 假定有A、B、C、D、E等多个分类群，各类群间 子序列之间的关系，构建系统发育树，进而阐明各个 的进化距离已经计算完毕，节点引入法的步骤为： 物种之间的进化关系…。系统发育树的构建方法有 (1)找出关系最近的序列对，如A和B，作为起 很多种，最基本的一类是基于距离的构建方法，利用 点构建系统树。 所有物种或分类单元的进化距离，依据一定的原则 (2)在A和B之间引入节点01，再将另一个距 及算法构建系统发育树。这类方法有非加权组对算 离A和B较近的序列如C引入系统树，根据距离关 metIlod埘th耐t岫tic 术平均法(unweightedpajrgroup 系求出A、B、C，与