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蛋白组学在临床疾病研究中的应用 中国科学院遗传与发育生物学研究所 马润林 人类及各种生物的特性由遗传基因控制，而生命活动本身主要靠蛋白质来介导和实现。 质蛋白质组(proteome)指一个细胞或一个组织的基因组所表达的令部蛋白质，蛋白质组学 (Proteomi cs)是‘f1对蛋白质在识别、量化和功能方面进行系统性分析的新兴学科(The fortheir and s of function)[klo这个 systematicanalysiproteins identity，quantity 学科的首要使命是规模识别和鉴定蛋白质，为从整体蛋白水平探讨生命活动的规律及重要生理 病理现象开创新的途径。它与常规蛋白质化学及生物化学的最大区别在其大规模性质 (multiPlexing)，不是一次一个蛋白地去研究。 蛋白组学的形成是人类基因组计划向功能基因组纵深发展的必然结果。最初人们把它看 作是功能基因组学的一部分，但由于其研究对象、检测分离方法和手段与基因组技术存在重大 差异，迅速演变了成．『]相对独立的学科并与功能基因组学并驾齐驱，甚至后来屠上。这是因 为蛋白质，而不是核酸，直接介导和参与细胞的绝大部分已知生理功能，而且临床研究的主要 样品如体液、组织都可以用蛋白组学的方法进行分析。另外，蛋白质在细胞内的调控是多方面、 多层次的，很多情况下与mRNA水平的变化无关，对其研究可能获得DNA及mRNA研究无法获得 的一些关键信息。关于蛋白组学与肾脏研究的关系，MarkKnepper等人曾做过很好的综述“。1， 在此一并作简要介绍。 蛋白质组学的技术特点是采用高分辨率的蛋白质分离手段结合高通量的蛋白质鉴定技 术，全景式地研究在各种特定情况下的蛋白质表达谱。为便于研究，首先通常选择一个特定的 蛋白质亚群体，如尿样或血细胞中的蛋白，集合管细胞核内体的蛋白，肾小管表达的Na+转运 蛋白，可用Coomassie亮兰检测的肾皮质蛋白等等，取决与研究者的兴趣以及可用的样品及技 术。蛋白质组研究技术目前主要有(1)双向凝胶电泳：首先通过等电点聚焦将蛋白样品按等电 点作第一纬分离，然后按分子量大小作第二纬分离。各种蛋白质双相电泳图谱分析软件的开发 的数据库的建立，使双相电泳技术成为一种稳定的高效率和自动化的蛋白质组基本研究手段。 (2)生物质谱技术：根据蛋白质电泳酶解后的肽质量指纹谱和肽序列信息去搜索蛋白质或核酸 序列库以鉴定蛋白质。如基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术、用电喷雾电离串联质谱技 Mass 术等。其中多肽质谱指纹技术(Peptide Mass Tandem (PeprideSequencingUsing 了良好的前景。(3)蛋白质芯片：在硅物质如玻璃等固相支持物表面高密度排列的探针蛋白点 阵，通过如抗原一抗体专一性结合等各种相互作用可特异地捕获样品中的靶蛋白，然后通过检 测器对靶蛋白进行定性或定量分析。其探针蛋白可根据研究目的不同，选用抗体、抗原、受体、 酶等“”1…。(4)生物信息学：对大量蛋白质信息资料进行快速获得、加工、存储、分类、检索、 分析等工作，用于寻找蛋白质家族保守序列和对蛋白质高级结构进行预测。这些技术可以结合 交叉使用，以达到分离和鉴定特定细胞组织蛋白谱的目标。近年有的实验室将双向电泳与生物 质谱技术联用，因此也有人把双向电泳看成质谱技术体系的一部分。所有这些技术本身还都在 不断提商完善之中，可以预见还会有新的更方便有效的专用设备出现。 蛋白组学在临床研究中主要为筛选生物标记并由于疾病的早期诊断。基于质谱技术的蛋 白组学已经在大规模分辨蛋白水平的生物调控过程显示了巨大的前景。检测某一·器官组织的蛋 Profi 白丰度谱(Abundance ling)在特定的生理或病理生理条件下变化可以筛选有效的特定生 理或病理条件下的蛋白标记，从而达到疾病诊断的目的。这方面一个早期成功的例子就是通过 比较处