影响鸡脂肪性状地基因互作网络研究.pdfVIP

塞童坌王堡篮皇童塑—￡堕401 had afterthe ofdifferentchickenhuesandthe is methylationpatternschanged hybridization MSAP highly of in for detection chicken large-scale cytosine nlethylatlon genome． Key sensitive words：Chicken；Methylation；Methylationamplifiedpolymorphlsm 影响鸡脂肪性状的基因互作网络研究 李慧锋 吴桂琴杨宁 (中国农业大学动物科技学院，北京，1(30094) 摘要：本研究应用基因芯片技术，以全同胞家系的北京油鸡为试验群体，就脂肪代谢途径中的20 个基因在鸡体内的不同生长时期的表达情况进行分析，构建了这些基因的贝叶斯互作网络，找到了这些 从基因互作网络的角度分析了多个基因的表达对内质性状的影响，是在分析方法上对多基因互作以及 这种互作与性状之间关系研究的进一步探索。 关键词：鸡；寡聚核苷酸芯片；贝叶斯基因互作网络；肌内脂肪含量 均详细的研究分析了它们对体内脂肪代谢的作用，但这些基因之间的相互作用对脂肪在体内的代谢、沉 积、分布的研究』：Ⅳ很少。 对于基因与摹冈之间的关系，我们不仅希望用常规的方法得到一些具有相似表达模式的基因，而且 希望能够找到基因问的相互关系及其相互作用的路径。我们构建的脂肪代谢途径相关基因的贝叶斯基 因网络，使我们可以用来讨论和分析基因间的相互作用关系。 因此，本试验对影响脂肪性状的这些候选基因基因进行表达水平的研究，并结合测定的脂肪性状数 据进行统汁学分析，得出一个影响脂肪性状的多基因效应的互作网络。 影响脂肪代谢的多基因互作网络的研究对于我们从多基因互作的角度研究优质鸡体内的脂肪代 谢、沉积和分布有着十分重要的意义，还町以使我们从一个整体全面的角度去认识、研究脂肪在体内的 浏节机制，并从q，找出对脂肪性状起主导作用的一个或几个基因。 J材料与方法 l l试验动物 别，共得到31个公母雏鸡数达到试验要求的全同胞。出雏时选出试验鸡总数为378只。整个鸡群在同 及时投入到液氮中迅速冷冻，然后转到一70℃低温冰箱中保存。 用荧光染料Cy3、Cy5标记，用于芯片杂交。 柚2笪史璺塾塑追焦查登受窒堂墨 1．2制备基因芯片 本试验确定了20个与脂肪代谢途径相关的基因，按其功能大致分为四类：1．涉及脂肪酸合成途径 片段。用SpotBotTM芯片点样仪将这些基因以一定浓度在芯片片基上点成8×8的基因阵列。 I．3芯片杂交 4000B扫描仪进行扫 层杂交液(o．8～lm)点在芯片上，盖上封口膜片，420C，杂交过夜。6一。用GenePix 描，PIVlT设定Cy3为500—580，Cy5为580～660，扫描功率为100％。 1．4数据标准化 数据在标准化以前，要用杂交点的荧光信号强度值减去其背景荧光强度值。然后采用Yang的标准 标准化。 1．5构建贝叶斯基因互作网络 本试验用Kevin Network Murphy在Maflab基础上编写的Bayesian 的互作网络。我们调用了Bayesian 所得的基因表达数据转换为文本格式导人Matlab程序中运行，得到Bayesian 间相互关系的概率。 2结果与分析 2．1基因芯片杂交结果 图1中的三张杂交扫描图分别是470、549、999号标记样品杂交图。 1个玉米的ndlNA序列作为阴性对