基于离散变分原理的耗散动力学模拟方法：模拟三维囊泡形状.pdfVIP

物理学报 Acta Phys. Sin. Vol. 62, No. 24 (2013) 248701 基于离散变分原理的耗散动力学模拟方法: 模拟三维囊泡形状* 1 12† 1‡ 1 1 夏彬凯 李剑锋 李卫华 张红东 邱枫 1) ( 复旦大学高分子科学系, 聚合物分子工程国家重点实验室, 上海 200433 ) 2) ( 中国科学院卡弗里理论物理研究所, 北京 100190 ) ( 2013 年9 月2 日收到; 2013 年9 月26 日收到修改稿) 将基于离散变分原理的耗散动力学模拟方法应用到三维囊泡体系, 通过优化囊泡的弯曲能求解其平衡态形状. 该方法的优点之一是不需要预先假定对称性. 针对特定约化自发曲率的囊泡体系, 该方法模拟获得了一系列轴对称 形状, 模拟结果与文献中预先假定轴对称条件的计算方法所报道的结果一致, 这验证了该模拟方法的可靠性及精确 性. 此外, 使用该方法研究了两个差别巨大的平衡态形状之间的转变动力学, 在转变过程中观察到了多个非轴对称 的中间形状. 研究结果表明该方法不仅可以模拟囊泡的非轴对称结构, 而且具备模拟囊泡在剧烈形变下演化过程的 能力. 为研究更复杂的囊泡体系, 特别是生物膜的形变提供了一个重要的理论模拟方法. 关键词: 生物膜, 离散空间变分法, 耗散动力学, 三角网格划分 PACS: 87.15.B, 87.16.D, 87.10.e DOI: 10.7498/aps.62.248701 做变分求极小值, 得到了普适的形状方程: p 2λ H k 2H C 2H 2 2K C H 1 引言 c 0 0 2 2k ∇ H 0 (2) c 为解释生物膜和囊泡丰富多彩的形状转 12 式中p 和λ 分别为渗透压差和表面张力, 分别可看 变 , 人们提出了各种不同的生物膜理论模型, 成约束体积和面积的朗格朗日乘子; H 和K 分别为 3 4 比如自发曲率模型 、双层膜模型 和面积差模 平均曲率和高斯曲率. 此方程乃四阶非线性偏微分 2 3 型 等. 其中Helfrich 的自发曲率模型(SC 模型) 方程, 它的求解极其困难. 为了简化计算, 通常可预 因其参数少而备受关注. 该模型中, 膜的弯曲能为 先假设所考虑的囊泡形状具有轴对称性, 把方程简 F 1kc C C C 2 dA k C C dA (1) 化成常微分方程后再进行求解(注: 不同的求解思 1 2 0 G 1 2 2