Structure群体遗传学软件中文说明.pdfVIP

1、待分析数据文件的编辑 可新建文本文件并命名为project_data，以文本编辑的方式编辑数列： 第一列：样品代码，每一样品占两行，每一行为其一个基因型，如样品 1 的基因型为AA ， 样品2 的基因型为AT ，样品3 的基因型为TT ，则编辑为： 1 1 1 1 2 1 2 2 3 2 3 2 如果有多个等位基因，可以按1，2，3，4 ，5 等顺序编码各样品的基因型； 第二列：人群代码，即第一群人的代码全为1，第二群人的代码全为2，第三群人的代码全 为3； 第三列：位点1 的分型结果。如上所述，如果有2 个等位基因，可用1、2 代表；如果有多 个等位基因，可分别以1，2，3，4 ，5 等代表； 第四列：位点2 的分型结果。编码方法同上。 2、打开Structure 软件，选择File--OPEN DATA FILE--选中所编辑好的打他data 文件，查看 格式、数据，如有修改应保存退出； 3、选择File--NEW PROJECT--STEP 1--命名Project Name--选择存放路径--选择保存过的待 分析文件； 4 、STEP 2--填入待分析样品数量，如 220--Ploidy of data 即选择单倍体或二倍体，选 2--Number of loci，选位点个数--MiMissing data value，一般选-9 ； 5、STEP 3--依次选择row of marker names, row of recessive alleles, map distance between loci, phase information 等，没有就不选；最下面，如果没有data file stores data for individuals in a single line 就不选； 6、STEP 4--Individual ID for each individual(选择) ，putative population origin for each individual （选择），USEPOPINFO selection flag(不选)，Phenotype information （不选），other extra column （不选）以及number of extra column （不选）； 7、点击“Finish”；Proceed； 8、点击Parameter set--new--length of burnin peroid (填写10000)--Number of MCMC Reps after burnin (填写10000); 9、Ancestry Models ，Allele frequency model ，Advanced 等均选Default setting; enter the name: 输入名字，运行完毕将产生一个由该名字命名的文件夹以保存运算结果和绘图。 10、点击“Start a job ”，单击选中命名的文件夹名称，设置K 从2 到7 等，其它不选，点击 Start 。 11、点击“Plotting”，选择刚才命名job 的名字，result file 选择run_1, run_2 等，即可看到 聚类的三角图形。 12、注意：运行完毕后产生的以“job 名字”命名的文件夹中自动含有 project_data 文件， 其内容与最初编辑的project_data 文件完全一致，故原编辑的project_data 文件可以删去。 柱形图绘制软件Distruct 使用指南 当Structure 软件运行完毕获得结果后，往往需要以 CLUMPP 或 distruct 软件绘制柱形图。 distruct 用法如下： 1、从/distruct.html 下载并解压缩Distruct 1.1 压缩包，可以看到含7 个以casia 为名的文件及5 个名字字首为distruct 的文件，还有一个 drawparams 的文件和一个颜色文件夹； 2、运行casia.postscript 文件，应该能产生一个含9 个群体柱形图的casia.pdf 文件，这表明 系统及软件正常； 3、打开casia.popq 和casia.indivq 将其原内容清空并置换为前述Structure 软件运行后所产生 的_run_1_f 文件的内容（拷贝并粘贴），其中_run_1_f 文件同时含有individual 和population 两者的数据。以Word 打开casia.indivq 文件，将