SNP检测方法的研究进展.pdfVIP

分子植物育种，2015年，第 13卷，第 2期，第 475-482页 M olecularPlantBreeding，2015，Vo1．13，No．2，475—482 评述与展望 Review andProgress SNP检测方法的研究进展 许家磊 王宇 ：后猛 ，， 李强 1中国农业科学院甘薯研究所，甘薯遗传改 良重点开放实验室，农业部甘薯生物学与遗传育种重点实验室，徐州，22113l；2江苏师范大学，徐 州，221116；3江苏徐淮地区徐州农业科学研究所，江苏徐州甘薯研究中心，徐州，221131 通讯作者，ins~ong@163．tom 摘 要 作为近年来最有发展潜力的第三代分子标记，单核苷酸多态~(singlenucleotidepolymorphism，sNP) 在遗传分析中得到了广泛应用。目前 SNP的检测方法大致可以分为两大类：一大类是以单链构象多态性 (sscP)、变性梯度凝胶 电泳(DDGE)、酶切扩增多态性序Y0(CAPS)、等位基因特异性PCR(allele—specificPCR， AS．PCR)等为代表的以凝胶 电泳为基础的传统经典的检测方法。另一大类是以直接测序、DNA芯片、变性 高效液相色谱(DHPLC)、质谱检测技术、高分辨率溶解 曲线(HRM)等为代表的高通量、自动化程度较高的 检测方法。本文综述了两大类 SNP检测方法中主要检测技术的原理和应用，并分析在实际应用中各种检 测技术的优缺点。 关键词 SNP，基于凝胶 电泳的检测方法，高通量 自动化检测方法 ProgressonDetectionMethodsOfSNP XuJialei WangYu HouMeng1,3 LiQiang∞ 1SweetpotatoResearchInstitute，KeyLaboratoryofSweetpotatoGeneticImprovement，CAAS，KeyLaboratoryofBiologyandGeneticImprove- mentofSweetpotato，Minis仃yofAgriculture，Xuzhou，221131；2JiangsuNormalUniversity，Xuzhou，221116；3XuzhouInstiutteofAgriculutral SciencesinXuhuaiDistrict，JiangsuXuzhouSweetpotatoResearchCenter，Xttzhou，221131 ’Correspondingauthor，ins~ong@163．com DOI：10．13271~．mpb．013．000475 Abstract Asthemostpotentialmarkerofthethird-generationmolecularmarkers，singlenucleotidepolymorphism (SNP)hasbeenwidelyusedingeneticanalysisinrecentyears．Atpresent,detectionmethodsofSNPcanbe approximatelydividedintotwotypes：onetypeistheclassicaldetectionmethodsbasedongelelectrophoresis，such as，single-strandconformationalpolymorphism (SSCP)，denaturinggradientgelelectrophoresis(DDGE)，cleaved amplifiedpolymorphicsequence(CAPS)，nadallele-specificPCR(AS-PCR)，etc．．Theotherishighthroughputand automateddetectionmethods，suchasdirectsequencing，DNA chips，denaturinghihg—performanceliquid chromatorgaphy(DHPLC)，massspectrometrydetectiontechnology,andhihgresolutionmelting(HRM)，etc．．This papersummarizedhteprinciplesandapplicationofmaindetectionmethods，andanalyzedhteiradvnatagesand disadvantages． Keywords SNP，Detectionmethodsbasedongelelecrtophoresis，Hi