运用多座位外显方差法分析中国荷斯坦牛CXCR1与IL8基因与乳房炎易感性的关系.pdfVIP

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2017-08-11 发布于安徽
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运用多座位外显方差法分析中国荷斯坦牛CXCR1与IL8基因与乳房炎易感性的关系.pdf

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·22· 第一部分统计遗传学、数量遗传学和生物信息学运用多座位外显方差法分析中国荷斯坦牛衄勰J 和／L8基因与乳房炎易感性的关系张亚琴，杨章平，毛永江，陈仁金，陈莹，冀德君 (扬州大学动物育种与分子标记重点实验室，江苏扬州 225009) 引言究奶牛奶牛乳房炎易感性相关因素的研究国内外尚未见相关报道。因此，本研究以南方某大型牛场牛群体DHI数析方法分析CXCRI和11_,8基因各位点突变及其基因型组合对奶牛乳房炎易感性的影响，以期为中国荷斯坦牛乳房炎易感性多基因聚合育种技术提供理论依据。材料与方法 634头中国荷斯坦母牛血样采自上海奶牛育种中心金山种奶牛场，尾静脉采血，ACD抗凝。进行体细胞数的测定，判定是否有隐性乳房炎。用PCR—SSCP方法检测基因的多态性，最后用多座位外显方差分析法(MPVA)进行分析。 MPVA模型的基本计算公式是：P(D／Gj)=—P(]G,可／Di)P厂(D一)iE{1，2，…m} D，C；分别表示乳腺炎和相应的基因型，P(别岛)则指基因型G；奶牛发生乳腺炎的概率，P(G／D)则为乳腺炎奶牛中G。基因型概率，JP(D)指群体中乳腺炎发生率，P(G)则指群体中C。基因型概率。卫 (MSE)可表示为：M孵=≥：P(C；)[P(D／G。)-P(D)]2 函 MSE则为多座位基因型与乳腺炎间相关性的一个测度，相关性越紧密，则此值越大。若有10个座位(n=2，3…． 10)，计算每个n座位的MSE，并进行横向及纵向比较，筛选出效应值最大的多座位组合及基因型。 MPVA分析方法主要分为四个步骤：①从n个SNP位点中选出所有可能的多位点组合；②计算所有可能位点组合的MsE的值；③置换检验；④选择MSE最大的座位组合；⑤选出最优座位组合下的基因型组合。结果且CxcRt一1830—1768一IL8 合的MSE值最大，这也说明该基因型组合是最优模型组合。讨论与结论变，1／．8基因的2789(A／G)位点和2 IL8 2789／2862三位点交互作用对奶牛乳房炎易感性达到显著水平。结合置换检验及显著性分析的结果，认为 CXCRl一1830。CXCKl-1768和IL82789／2862三位点交互模型作为奶牛乳房炎易感性相关的基因联合选择模型最佳。MPVA适合用来进行乳房炎易感性的分析。关键词：MPVA；CXC尺J；／／,8；乳房炎易感性