单分子实时测序技术的原理与应用.pdfVIP

遁 Hereditas(Beijing)2015年3月，37(3)：259--268 www．chinagene．crl 综 述 单分子实时测序技术的原理与应用 柳延虎 ，王璐 ，一，于黎 ，2 1．云南大学，云南省生物资源保护与利用重点实验室，昆明 650091； 2．云南大学，云南省高校动物遗传多样性与进化重点实验室，昆明 650091 摘要：单分子 DNA测序技术是近 10年发展起来的新一代测序技术，也称为第三代测序技术，包括单分子实 时测序、真正单分子测序、单分子纳米孔测序等技术。文章介绍了单分子实时(Single．moleculerea1．time，SMRT) 测序技术的基本原理、性能以及应用。与 Sanger测序法和下一代测序技术相比，SMRT测序具有超长读长、测 序周期短、无需模板扩增和直接检测表观修饰位点等特点，为研究人员提供了新选择。同时，SMRT测序的低 准确率备受争议(约85％)，其中约93％的错误是插入缺失，因此，其数据应用于基因组组装前需先对数据进行 纠错处理。目前，SMRT测序在小型基因组从头测序和完整组装中已有 良好应用，并且 已经或将在表观遗传学、 转录组学、大型基因组组装等领域发挥其优势，促进基因组学的研究。 关键词：单分子测序；PacBio；SMRT测序 Theprincipleandapplicationofthesingle--moleculereal--time sequencingtechnology YanhuLiu ，LuWang，一，LiYu ， 1．LaboratoryforConservationandUtilizationofBio—resources，YunnanUniversi．Kunming650091，China； 2．KeyLaboratoryfo，AnimalGeneticDiversityandEvolutionofHighEducationinYunnanProvince,YunnanUniversiyt,Kunming 650091，China Abstract： Lastdecadewitnessedtheexplosivedevelopmentofthethird·g·enerationsequencingstrategy,includ·· ing single-moleculereal-time sequencing (SMRT)，truesingle-moleculesequencing (tSMSTM)and thesin- gle-moleculenanoporeDNA sequencing．Inthisreview,wesummarizetheprinciple，performanceandapplicationof theSMRTsequencingtechnology．ComparedwiththetraditionalSangermethodandthenext-generationsequencing fNGS)technologies，theSMRTapproachhasseveraladvantages，includinglongreadlength，highspeed，PCR-free andthecapabilityofdirectdetectionofepigeneticmodifications．However，thedisadvantageofitslow accuracy,most ofwhichresultedrfom insertionsanddeletions，isalsonotable．So，theraw sequencedataneedtobecorrectedbefore assembly．Uptonow，theSM RT isagoodfitforapplicationsinthedenovogenomicsequencingandthehigh-quality 收稿 日期：2014-09-25；修回 日期：2014-12-01 基金项 目：国家 自然科学基金重大研究计划项 目(编号和中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室开放课题(编号： GREKF14—04)资助 作者简介：柳延虎，博士研究生，研究方向：基因组学。E—mail：liuyanhu005@163．Gom 通讯作者：于黎，研究员，博士生导师，研究方向：动物遗传与进化。E—mail