非可控性溃疡性结肠炎恶性转化的信号调控网络的模建与分析.pdfVIP

非可控性溃疡性结肠炎恶性转化的信号调控网络的模建与 分析 范胜军 李学军 北京大学基础医学院药理学系 摘要 目的：溃疡性结肠炎与结肠癌的发病率息息相关，然而其发病机制仍未阐明。随着基因芯片 表达数据的与日俱增，通过构建基因芯片共表达模型阐明疾病的发生发展得到世界医药工作 者的广泛关注与认可。然而通过整合不同来源的基因芯片数据用以扩大样本量仍是难以逾越 的天堑。 方法：本实验，我们采用EB 算法对不同研究平台的基因芯片数据进行整合并模建结肠癌关 联调控网络模型。与此同时，通过手动绘制人类肿瘤信号调控通路，用以分析溃疡性结肠炎 恶性转归的信号调控网络。 结果：溃疡性结肠癌的信号调控网络根据节点的亚细胞定位信息可分为四层，即膜外区、膜 区、胞质区以及核仁区。富集分析结果显示：EGF/EGFR 、EPO 、T 细胞途径和 BCR 途径的 异常激活与非可控性溃疡性结肠炎恶性转化有关。 结论：本实验提出了标准化整合独立研究平台基因芯片数据的方法。与传统基因芯片共表达 网络相比，本研究通过构建分层的信号调控网络，从亚细胞水平模建了具备高鲁棒性的人类 肿瘤关联网络，以期为该类疾病的诊断以及药物干预性治疗提出指导意义。 关键词 ：非可控性溃疡性结肠炎恶性转化；信号调控网络；基因 芯片整合 前言 作为全球第四大常见恶性肿瘤，结肠癌的发病率常年居高不下[1, 2]。流行病学调查显 示，运动匮乏、高脂饮食以及环境因素等皆与结肠癌的发病息息相关[3, 4]。随着生命医学 的迅猛发展，结肠癌的诊断标志物例如：TP53, k-ras, APC, Wnt5 以及某些microRNAs 逐渐 为人们所熟知[5, 6]。然而，到目前为止对于结肠癌的临床干预手段依然举步艰难。 炎症作为肿瘤的诱发因素已经得到诸多科研工作者的广泛关注与认可。炎症是宿主系统 对病原体感染以及各种组织损伤等产生的一系列复杂的应答事件，通过影响机体微环境中多 种细胞与因子的相互作用，调控机体多种生理与病理信号网络的平衡走向，表现出“高度的 两面性” 。在一般情况下，当炎性因素如感染或组织损伤消除后，炎症反应随即终结，转变 为 “可控性炎症” 。但是，在某些不确定因素的存在下，如持续的或低强度的刺激、靶组织 处于长期或过度反应时，炎症无法从抗感染、组织损伤模式下转变成为平衡稳定的状态，导 致炎症反应的持续进行，表现为“非可控性炎症”状态。越来越多研究表明慢性炎症在多种肿 瘤的启动、进展及转移潜能中扮演着十分重要的角色。在一些类型肿瘤中，已发现癌症与感 染具有高度的相关性(乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎、幽门螺杆菌、EB 病毒、华支睾吸 虫、曼氏血吸虫)[7, 8]。在某些情况下，特别是病毒感染时，病原对上皮细胞的恶性间质化 1    具有直接作用[9, 10]。感染所致的炎症作为首要介质广泛参与癌变过程。作为一种癌前期病 变，慢性非可控性溃疡性结肠炎与结肠癌的发病率同样息息相关。该病因病变范围广泛、病 情反复发作、病情迁延不愈、癌变性大等特点, 已被世界卫生组织确定为现代难治病。 通过计算生物学构建疾病-基因互作网络模型为系统评价疾病的进展提供了可能性。常 见的基因调控网络模型构建方法包括布尔网络模型[11, 12]、贝叶网络[13, 14]、神经连续网 络、关联网络[15]以及共表达网络[16]等。然而因其高假阳性、消耗长等缺点，这种 “guilt-by-association”方法并不适用海量基因组数据[17]。随着基因芯片技术的迅猛发展，基 于基因芯片的共表达模型逐渐为人们所重视。然而，如何整合不同来源的基因芯片数据用以 构建大规模芯片样本成为长期以来困扰生物信息学家的主要难题[18]。鉴于此，本课题拟通 过整合独立平台的基因芯片数据，并结合高鲁棒性的人类肿瘤信号调控网络，用以阐明非可 控性溃疡性结肠炎恶性转归的信号调控网络，以期为临床预防与干预性实践提供可行性依据。 材料和方法 一、基因芯片数据的选择 通过手动检索 ArrayExpress 、GEO 以及 SMD 数据库，搜索复合下述条件的基因芯片数 据：(1)来源于人种；(2)涵盖溃疡性结肠炎和结肠癌；(3)提供原始数据文件。符合上