4澳洲淡水鄂线粒体基因测序.docVIP

澳洲淡水鳄线粒体基因组全序列的测定及结构分析 赵尚，生命科学学院 摘 要：运用PCR和分子克隆的技术，获得了澳洲淡水鳄（Crocodylus johnstoni）（mtDNA）澳洲淡水鳄（Crocodylus johnstoni）The complete mitochondrial genomes of Crocodylus johnstoni ZHAO Shang, College of Life Sciences Abstract: The nucleotide sequences of the complete mitochondrial DNA(mtDNA) molecule of the Australia freshwater crocodile（Crocodylus johnstoni）was obtained by Polymerase Chain Reaction(PCR) and Molecular Cloning. The complete mitochondrial genomes of this crocodilian was 16,857bp. The organization of molecule conformed to that of other vertebrate mtDNA, including 22 tRNAs,2 rRNAs,13 protein-coding genes, and a control region. The base composition was 31.99%A，24.29%T，28.82%C，14.90%G. The arrangement of the genome was the same as that of published crocodilians, and we can found two tRNA genes differ from other vertebrates, showing that the gene order of crocodilians is remarkably conserved. Key words: Crocodylus johnstoni, mtDNA, genomes structure 引言 线粒体基因组即线粒体自身携带的全部DNA分子,可独立于细胞质外完成转录、信息传递及翻译工作，并与核基因编码的蛋白共同作用，完成许多重要的生理功能。动物的mtDNA为双链闭合环状结构，相对较小，基因排列紧密，方便对多种动物进行广泛的比较。因mtDNA具有母性遗传、分子量小、序列变异相对核基因迅速等特点，近年来作为分子标记在分类学、系统进化、群体遗传及动物保护生物学等研究领域得到的广泛的应用 [1-7]。自1981年Anderson等人[8]首次测定了人的mtDNA全序列，越来越多脊索动物的mtDNA被测定出来。 世界现存鳄类共23种，传统分类中将鳄目（Crocodylia）划分为3科8属:鼍科（Alligatiridae）(下分4属：鼍属Alligator、凯门鳄属Caiman、古鳄属Paleosuchus和黑鳄属Melanosuchus）、鳄科（Crocodylidae）（下分3属：鳄属Crocodylus、骨喉鳄属Osteolaemus和假食鱼鳄属Tomistoma）和食鱼鳄科（Gavialidae）（仅食鱼鳄属Gavialis一个属）。但对于鳄类的系统发生目前仍存在许多争议。近期许多分子数据支持将现存鳄类划分为2科：鼍科和鳄科,将食鱼鳄科并入了鳄科[8] 。澳洲淡水鳄（Crocodylus johnstoni）属于鳄科鳄属，生活于澳洲泻湖鳄鱼[10-11]，由于鳄属内鳄的mtDNA等分子数据不足，针对鳄属内种间关系的探讨并不多[9,12-13]，本文测定了澳洲淡水鳄的线粒体基因组全序列，对其基因结构进行了分析，并同其他鳄类的mtDNA进行比较，为探讨鳄类的系统关系尤其是鳄属内的系统发生补充分子数据。 1 材料与方法 1.1 澳洲淡水鳄总DNA的提取 取冻存于-80°C冰箱的澳洲淡水鳄血液样品50μL（样品由George Amato博士惠赠）根据Sambrook等[14]的方法，用SDS/蛋白酶K裂解，酚氯仿提取总DNA，1.0%琼脂糖凝胶电泳检测。所得到的基因组DNA保存于-20°C。 1.2 引物设计、PCR扩增与测序 根据实验室已有用于其它鳄类扩增的引