关于组蛋白、甲基化、CHIP-Seq、结合位点、转录因子.pdfVIP

关于组蛋白、甲基化、转录因子、结合位点和CHIP-Seq 1) 染色质：真核细胞分裂间期的细胞核内的一种物质，这种物质的基本化学成分为脱氧核 糖核酸核蛋白(核蛋白就是由DNA 或RNA 与蛋白质形成的复合体)，主要由DNA 和组蛋 白构成，也含有少量的非组蛋白和RNA。由于它可以被碱性的染料染色，所以称为染色 质。在细胞的有丝分裂期，染色质经过螺旋、折叠，包装成了染色体。 2) 核小体：核小体是染色体的基本结构单位，由DNA 和组蛋白(histone)构成，是染色质(染 色体)的基本结构单位。由4 种组蛋白H2A、H2B、H3 和H4， 每一种组蛋白各二个分 子，形成一个组蛋白八聚体，约200 bp 的DNA 分子盘绕在组蛋白八聚体构成的核心结 构外面，形成了一个核小体。这时染色质的压缩包装比(packing ratio)为6 左右，即DNA 由伸展状态压缩了近6 倍。200 bp DNA 为平均长度；不同组织、不同类型的细胞，以 及同一细胞里染色体的不同区段中，盘绕在组蛋白八聚体核心外面的 DNA 长度是不同 的。如真菌的可以短到只有 154 bp，而海胆精子的可以长达260bp，但一般的变动范 围在180bp 到200bp 之间。在这 200bp 中，146 bp 是直接盘绕在组蛋白八聚体核心 外面，这些DNA 不易被核酸酶消化，其余的DNA 是用于连接下一个核小体。连接相邻 2 个核小体的DNA 分子上结合了另一种组蛋白H1。组蛋白H1 包含了一组密切相关的 蛋白质，其数量相当于核心组蛋白的一半，所以很容易从染色质中抽提出来。所有的 H1 被除去后 也不会影响到核小体的结构，这表明H1 是位于蛋白质核心之外的。 3) 染色体：在细胞的有丝分裂的分裂期由染色质经螺旋折叠形成，呈线状或棒状。 4) 有丝分裂：真核细胞的染色质凝集成染色体、复制的姐妹染色单体在纺锤丝的牵拉下分 向两极，从而产生两个染色体数和遗传性相同的子细胞核的一种细胞分裂类型。分裂具 有周期性。即连续分裂的细胞，从一次分裂完成时开始，到下一次分裂完成时为止，为 一个细胞周期。一个细胞周期包括两个阶段：分裂间期和分裂期，（这两个阶段所占的 时间相差较大，一般分裂间期占细胞周期的 90%-95% ；分裂期大约占细胞周期的 5%-10%。细胞种类不同，一个细胞周期的时间也不相同。）分裂期又分为分裂前期、分 裂中期、分裂后期和分裂末期。细胞在分裂之前，必须进行一定的物质准备。细胞增殖 包括物质准备和细胞分裂整个过程。有丝分裂是一个连续的过程按先后顺序划分为间期、 前期、中期、后期和末期五个时期，在前期和中期之间有时还划分出一个前中期。 5) 分裂间期：主要完成DNA 的复制和蛋白质的合成，DNA 复制时边解旋编复制。 6) 姐妹染色单体： 姐妹染色单体是指染色体在细胞有丝分裂 （包括减数分裂）的间期进 行自我复制，形成由一个着丝点连接着的两条完全相同的染色单体。（若着丝点分裂， 则就各自成为一条染色体了）。每条姐妹染色单体含1 个DNA。 7) 同源染色体：二倍体细胞中染色体以成对的方式存在, 一条来自父本，一条来自母本， 且形态、大小相同，并在减数分裂前期相互配对的染色体。含相似的遗传信息。 8) 组蛋白：一组进化上非常保守的碱性蛋白质，其中碱性氨基酸(Arg，Lys)约占25%，存 在于真核生物染色质，分为5 种类型(H1，H2A，H2B，H3，H4)，后4 种各2 个形成 组蛋白八聚体，构成核小体的核心，占核小体质量的一半。组蛋白的基因非常保守。亲 缘关系较远的种属中,四种组蛋白(H2A、H2B、H3、H4)氨基酸序列都非常相似。 9) 甲基化(methylation)：从活性甲基化合物(如 S-腺苷基甲硫氨酸)上催化其甲基转移到其 他化合物的过程。可形成各种甲基化合物，或是对某些蛋白质或核酸等进行化学修饰形 成甲基化产物。甲基化是蛋白质和核酸的一种重要的修饰，调节基因的表达和关闭，与 癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关，是表观遗传学的重要研究内容之一。 最 常见的甲基化修饰有DNA 甲基化和组蛋白甲基化。DNA 甲基化是指生物体在DNA 甲 基转移酶(DNA methyltransferase，DMT) 的催化下，以s-腺苷甲硫氨酸(SAM)为甲基 1