基于16S与23SrDNA基因芯片检测与鉴定七种临床常见病原菌.pdfVIP

维普资讯 中华流行病学杂志2008年8月第2鲞笫8— ChinJEpidemio—l,August2008,Vo1．29—,N—o．8 ·815 · · 实 验 室 研 究 · 基于 16S和 23SrDNA基因芯片检测和鉴定 七种临床常见病原菌 邢建明 张更 张红河 沈翠芬 毕丹 李刚 姚丽惠 【摘要】 目的 以细菌 16SrDNA和23SrDNA基因为靶序列建立可检测临床七种常见病原菌 寡核苷酸芯片系统 。方法 采用双重 PCR扩增标本 中靶细菌 16S和 23SrDNA基因片段 。构建能同 时检测肠出血性大肠埃希菌O157：H7、副溶血性弧菌、沙 门菌、霍乱弧菌、单核细胞增生李斯特菌、空 肠弯 曲菌和志贺菌 的寡核苷酸芯片 ，并考核芯片的检测特异性 、灵敏度和重复性 。采用所建立 的寡核 苷酸芯片检测 81例腹泻患者粪便样本 。结果 双重 PCR可同时扩增上述七种病原菌的 16S和 23S rDNA基 因靶序列 。所研制的寡核苷酸芯片检测灵敏度可达 10。cfu／ml，非靶细菌无 阳性结果 ，不 同批 间和批 内芯片的变异系数为3．89％～5．81％。寡核苷酸芯片检测粪便样本 的阳性率为39．5％(32／ 81)，与常规细菌学检查法检测结果的符合率达到96．3％(78／81)，菌种鉴定结果符合率为96．8％(31／ 32)。结论 研究建立 的寡核苷酸芯片法在检测七种病原菌时具有简便 、快速 、准确、高通量等优点， 适合于临床样本检测及流行病学现场调查 。 【关键词】 寡核苷酸芯片；病原菌；检测 Detectionand identification ofseven clinicalcommonpathogenicbacteriaby 0lig0nucle0tidemicroarray xlNGJianuring ，ZHANG Su，ZHANGHong—he，SHEN Cui—fen，BIDan，LIGang，YAO Li— hui．Departmentof Laboratory Medicine，Huzhou Maternity and Child CareHospital，Huzhou 313000，China A【bstract】 Objective Using16SrDNAand23SrDNAgenesasthetargetsequencestodevelopa system basedonoligonucleotidemicroarrayandtodetectthesevenclinicalpathogenicbacteria，commonly esen．Methods Doublepolymerasechainreaction(PCR)wasappliedtoamplifythesegmentsof16SrDNA and 23S rDNA genes of the target bacteria． An oligonucleotide microarray was constructed to simultaneously detectEHEC O157：H7， Vibrioparahaemolyticus， Saimonella sp．， briocholerae， Listeriamonocytogenes，CampylobacterjejuniandShigellasp．Specificity，sensitivityandreproducibility ofthemicroarrayduringdetectionwerechecked．Andthenmicroarraywasusedtodetectthemicrobesin stoo1specimensof81 patientswith diarrhea and vomiting．Results ThedoublePCR method could simultaneouslyamplifythetargetsequencesof16SrDNA and23SrDNA genesofthesevenpathogens．The sensitivityofthedevel