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博苑生物蛋白酶解和质谱鉴定完整操作流程.pdf

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蛋白酶解及质谱鉴定完整操作流程 仪器: ABI 4800 MALDI-TOF/TOF 串联质谱仪(ABI)、真空冷冻干燥机、水浴锅、 Mascot 分析软件、移液器、离心管 主要溶液配置: 考染脱色液:25mmol/L NH HCO 、50%乙腈的水溶液 4 3 银染脱色液:15mM K Fe(CN) 、50mM NaS O 的水溶液 3 6 2 3 脱水液 1:50%的乙腈溶液 脱水液 2 :100%的乙腈 吸胀液:25mmol/L NH HCO 的水溶液 4 3 酶解覆盖液:25mM的NH HCO 、10%乙腈的水溶液 4 3 酶解工作液:含 0.02ug/ul 胰蛋白酶的酶解覆盖液 蛋白萃取液:含5% TFA、67%乙腈的水溶液 - 1 - 蛋白点切取: 一、实验操作: 1、将 0.2ml 的枪头前端剪去0.5cm,以增大孔径, 2 、将枪头垂直戳向凝胶上的蛋白点,旋转枪头直至将胶点取下, 3、将取好的胶粒转入装有去离子水的 0.5ml 离心管里,用枪头反复吸打溶 液至枪头内胶粒进入离心管, 4 、吸干去离子水后封盖保存并做好标记。 二、注意事项: 1、离心管最好用进口离心管,以免塑料污染;水最好用去离子水, 2 、取点时带好口罩与手套以及头套,以免皮屑等角蛋白的污染, 3、蛋白鉴定需要的蛋白量越多越好,所以尽可能把某一个点里所有的蛋白 全部取到,不过某些比较大的点就只要取一部分就可以了, 4 、针对特别小的蛋白点,枪头孔径可能会比蛋白点面积大,取点时把该蛋 白点的边上空白部分也一起取一些下来也不要紧, 5、蛋白点的纯度越高越容易鉴定,一般双向电泳的点都是独立的蛋白,纯 度完全满足鉴定的要求,针对有部分交叉的蛋白点,取点时注意不要取混,混 合的蛋白点增加质谱鉴定的难度,降低鉴定成功率, 6、取完的蛋白点可以放在室温下保存 1 周左右,可以放在-20 度或者-80 度保存半年以上, 7、只有胶图上清晰可见的蛋白点,其含量就足够用于质谱鉴定,所以只要 取一次蛋白点就可以了,不需要把几张胶上的蛋白点取了放在一起进行鉴定, 同时注意不要把胶点弄得太碎 8、条件允许的话可以多取一次胶点的重复以做好备份。 - 2 - 蛋白质酶解: 一、考马斯亮兰染色蛋白点的酶解:参考[Katayama H., Nagasu T., Oda Y., Improvement of in-gel digestion protocol for peptide mass fingerprinting by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, Rapid Communications in Mass Spectrometry, 15, 1416 - 1421]的方法进行 1、将切取的蛋白胶点转入0.5ml进口离心管中,采用超纯水漂洗两次, 2 、加入考染脱色液,脱色30min, 3、吸出脱色液,加入脱水液1,脱水30min, 4 、吸出脱水液1,加入脱水液2 ,脱水30min, 5、吸出脱水液2 ,加入10ul酶解工作液,吸胀30min, 6、加入20ul酶解覆盖液,37℃水浴酶解过夜, 7 、酶解后上清转移至另一新离心管中, 8、加入50ul蛋白萃取液于剩下的胶中,37℃温浴30min,5000g离心5min, 合并上清,冻干后待做质谱。 二、硝酸银染色蛋白质酶解: 1、将切取的蛋白胶点转入 0.5ml 进口离

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