规模化蛋白质生物质谱鉴定中肽段氨基端环化修饰现象.pdfVIP

第 37卷 分析化学 ( FENX I HUAXU E) 　研究报告 第 7期 　　　　　　　　　　　　 　　　　　　　　　　　　 2009年 7 月 Ch ine se Jou rnal of A nalytical Chem istry 950 ～954 研 究 报 告 规模化蛋白质生物质谱鉴定中肽段氨基端环化修饰现象 1, 2 2 2 2 卢 庄 　赵丽艳 　张养军 　蔡 耘 1 1 1, 2 邓玉林 　张玉奎 　钱小红 1 (北京理工大学生命科学与技术学院 ,北京 100081) 2 (蛋白质组学国家重点实验室 ,北京蛋白质组研究中心 ,北京放射医学研究所 ,北京 102206) 摘 　要 　对蛋白质样品制备中引入的氨基酸残基的一种现象 ———蛋白质酶切肽段氨基端的环化修饰现象的 ( ) ( ) 初步研究结果显示 ,很多以谷氨酰胺 Q 或氨乙酰化修饰的半胱氨酸 CAM _C 残基起始的肽段会发生氨基 端的环化修饰 ,且修饰反应不完全 ,在同一样本中修饰与非修饰两种状态常同时存在 ,并且环化修饰后的肽段 的反相色谱保留时间发生延迟 。在数据库检索时添加环化修饰 ,可以提高蛋白质的鉴定成功率 。本研究结果 为大规模的蛋白质质谱数据解析提供了有价值的参考 。 关键词 　肽段氨基端 ,环化 ,规模化 ,蛋白质鉴定 1　引　言 细胞或组织内存在的全部蛋白质的定性和定量分析是蛋白质组学研究的主要内容 [ 1 ] 。为了从细 ( ) [ 2 , 3 ] 胞中鉴定 目标蛋白质 ,候选蛋白质常用串联质谱 M S/M S 法 结合生物信息学的数据库检索进行分 析 。样品中的蛋白质通常先被胰蛋白酶消化成较小的肽段 ,然后经反相色谱分离进入质谱 ;肽段经离子 化 、碎裂后 ,产生用于鉴定的特征的 M S/M S数据 ;通过在理论序列数据库中搜索 M S/M S谱图来寻找最 佳匹配的肽段 ,从而鉴定样本蛋白质 。然而 ,在实际的蛋白质鉴定中 ,通常只有或少于 10%的 M S/M S 谱图能够有效地鉴定出蛋白质 ,而大量的图谱都不能被解析 [ 4 ] 。 M S/M S数据没有得到可靠的鉴定结果 , 除了谱图质量差 ,还有一个原因就是匹配不好 。很多碎片 信息很丰富的 M S/M S谱图在检索时的得分也很低 ,其原因是可能此肽段在数据库中不存在 、或某些蛋 白质本身存在 ,但人工处理过程中引入的各种氨基酸残基的多种修饰影响其鉴定 。蛋白质修饰的多样 性和不均一性造成检索时实验值与理论值不相匹配 ,进而影响其质谱数据的正确解析 。目前 ,肽段鉴定 ( ) ( ) 时常用的添加残基修饰有甲硫氨酸 M et 的氧化和半胱氨酸 Cys 的氨乙酰化 ,而对其它修饰研究很 ( ) ( ) ( ) 少 。文献报道 , 以谷氨酰胺 Q 、谷氨酸 E 或氨乙酰化修饰的半胱氨酸 CAM _C 残基起始的肽段 ,在 样品处理 [ 10 ] 或者自发 [ 11 ] 等状况下都会发生氨基端的环化修饰 。这些发生了环