PCR_RFLP分析桉树人工林土壤微生物群落结构_段思蒙.pdfVIP

基因组学与应用生物学，2009 年，第28 卷，第5 期，第859-864 页 Genomics and Applied Biology, 2009, Vol.28, No.5, 859-864 研究报告 Research Report PCR-RFLP 分析桉树人工林土壤微生物的群落结构 段思蒙1,2,3 申佩弘1,2,3 潘莉莉1,2,3 李双喜1,2,3 蒋承建1,2,3 武波2,3,4* 1 广西大学生命科学与技术学院, 南宁, 530005; 2 微生物及植物遗传工程教育部重点实验室, 南宁, 530005; 3 广西亚热带生物资源保护利用重 点实验室, 南宁, 530005; 4 广西民族大学化学与生态工程学院, 南宁, 530005 * 通讯作者, wubogxu@ 摘 要 本研究利用限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)和16S rDNA 序列分析相结合的方法研究了广西 南宁高峰林场人工桉树林中土壤微生物的群落结构。通过采用直接法提取桉树人工林土壤中微生物总 DNA ，构建细菌的l6S rDNA 克隆文库，从中随机挑取了192 个阳性克隆进行检测，分析显示188 个阳性克 隆子确定含有16S rDNA 并分归为52 个不同的类群OTUs，随机挑取其中35 个克隆进行测序，并构建了系 统发育进化树。研究结果表明：桉树人工林土壤中细菌种类较为丰富，含有大量的未培养微生物，进一步的 序列分析表明桉树人工林土壤中占优势的类群分别为Acidobacteria (40%)和Proteobacteria (27%)。本研究对 桉树人工林土壤微生物群落结构进行了研究，为进一步研究桉树人工林环境质量变化提供基础资料。 关键词 桉树 16S rDNA, PCR-RFLP 群落结构 , , PCR-RFLP Analysis on Edaphon Community Structure in Eucalyptus Plan- tation Duan Simeng 1,2,3 Shen Peihong 1,2,3 Pan Lili 1,2,3 Li Shuangxi 1,2,3 Jiang Chengjian 1,2,3 Wu Bo 2,3,4* 1 College of Life Science and Technology, Nanning, 530005; 2 The Key Laboratory of Ministry of Education for Microbial and Plant Genetic Engineer- ing, Nanning, 530005; 3 Guangxi Key Laboratory of Subtropical Bioresource Conservation and Utilization, Nanning, 530005; 4 College of chemistry and Ecology Engineering, ,Nanning, 530005 * Corresponding author, wubogxu@ DOI: 10.3969/gab.028.000859 Abstract In this research, we investigated the edaphon community structure from Gaofeng forest-farm Eucalyptus plantation in Guangxi Nanning by PCR-RFLP technique and 16S rDNA sequence analysis. Total DNA of microor- ganism in Eucalyptus plantation was extracted by using the direct method, then we constructed a 16S rDNA clone li- brary of the soil microbes. A total of 192 positive clones were radomly chosen from the clone library to be exam- ined. The PCR-RFLP result showed that 188 positive clones determinately contained 16S rDNA and they went back to 52 different operati